【研究内容】：该研究开发了一种分离 RNA 结合蛋白的新技术——RICK（Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry）：用EU(ethynyluridine)来标记细胞内的RNA，再将EU生物素化，利用核酸标记，将新合成的RNA标记上生物素，最后通过链霉亲和素偶联的磁珠，分离得到相应被标记RNA分子和与其相结合的蛋白分子，包括非polyA RNA和新生RNA在内的一系列RNA分子及其结合蛋白。RICK将促进对不同细胞和系统中总rnA结合蛋白质组的深入研究。

【研究内容】：通过分析转录抑制复合物NCoR/SMRT在不同细胞环境中的作用，发现该抑制复合物作为体细胞重编程中新的限制因素，对重编程因子诱导的相关基因表达调控起了至关重要的抑制作用，涉及的具体机制是该复合物中组蛋白去乙酰化酶HDAC3对目的基因进行了特异性组蛋白去乙酰化修饰，从而导致重编程因子无法有效地激活内源性的多能性基因。

【研究内容】：骨关节炎和软骨退变过程中，WNT/β-catenin被激活的机制尚未完全明确，本研究利用iTRAQ蛋白质组学技术，筛选了年轻（2月龄）和老龄（12月龄）小鼠的蛋白表达差异，并发现一种在老年软骨中强烈上调（12.47倍）的蛋白——酪氨酸激酶Fyn，后续 Western Blot实验和动物实验都证实了这一结果。为了探究Fyn促进骨关节炎发展的机制，作者将免疫沉淀（IP）与蛋白质组学分析相结合，以鉴定软骨原代细胞系ATDC5中的Fyn相互作用蛋白，并在纯化的复合物中发现了β-catenin的肽序列，表明β-catenin潜在的结合伴侣Fyn。最终证明酪氨酸激酶Fyn可以通过激活β-catenin通路促进关节炎。

【研究内容】：本研究发现了一个长链非编码RNA(LncRNA)——LAMP5-AS1，研究了其与MLL白血病发展和白血病细胞维持干细胞性的功能相关性，通过RNA pull down、FISH等一系列实验证明了LAMP5-AS1与DOT1L甲基转移酶活性的关系，并对LAMP5-AS1干扰/过表达情况下DOT1L下游靶基因的甲基化修饰水平进行了检测。该研究证实了LAMP5-AS1在MLL白血病细胞的自我更新过程和分化阻滞中所起的重要作用，其对维持DOT1L在MLL白血病中的高酶活性具有重要意义，可能成为治疗MLL白血病的一个有价值的靶点。

【研究内容】：本研究探讨了microRNA（miRNA）在结直肠癌(CRC)是中的作用，发现CRC组织中miR-500a-5p的低表达与CRC恶性发展相关。在CRC细胞中过表达miR-500a-5p可使其G0/G1期阻滞，抑制其生长和迁移。从机制上讲，miR-500a-5p直接结合HDAC2基因并抑制其介导的裸鼠大肠癌细胞增殖。转录因子YY1与miR-500a-5p的启动子结合并负调控其转录，且miR-500a-5p的水平还受到p300/YY1/HDAC2复合体的协同调控。小鼠模型实验也表明miR-500a-5p表达可显著抑制肿瘤的发展。该研究为结直肠癌治疗提供了新的潜在候选基因。

【研究内容】：本研究报道了特有囊泡运输调控蛋白FREE1蛋白穿梭入核，在转录水平调控植物ABA信号的全新功能，并揭示了其作用机制。在本研究中，作者发现脱落酸（ABA）处理会导致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修饰并进入细胞核，在细胞核内FREE1蛋白会与ABA信号途径的重要转录因子ABI5等互作并抑制其转录激活活性。其中，为了验证FREE1蛋白中受ABA影响的磷酸化位点，作者用ABA处理样本后，采用IP方法富集了FREE1和FREE1突变体，之后用LC-MS/MS技术检测了FREE1及其突变体的磷酸化位点。

【研究内容】：本研究探讨了淀粉水果“香蕉”在成熟过程中的淀粉降解机制。首先，研究者从香蕉果实中鉴定得到了38个编码淀粉降解相关蛋白的基因序列，发现在香蕉果实成熟过程中，伴随着淀粉向糖的转化过程，其中27个候选基因的水平显著升高。此外，基于iTRAQ的蛋白质组学实验鉴定了18种与淀粉颗粒表面结合的淀粉降解相关酶，其中10种在成熟过程中显著上调。另外针对MaGWD1启动子的酵母单杂交筛选到了一种转录因子bHLH，电泳迁移率分析、染色质免疫沉淀（ChIP）和瞬时表达实验证实，MabHLH6通过识别启动子中存在的E-box(CANTG)基序，激活11个淀粉降解相关基因的启动子。总之，这些发现表明香蕉果实成熟过程中的淀粉降解可能归因于转录和翻译水平上与淀粉分解相关的许多酶的复杂作用，并且MabHLH6可能通过直接激活一系列淀粉降解相关基因而作为该过程的积极调节者。

【研究内容】：泛素特异性蛋白酶3 (USP3) 的异常表达可能在肿瘤发展中起重要作用，然而其促进胃癌转移的机制仍然很不清楚。本研究利用iTRAQ蛋白质组学技术鉴定了USP3过表达胃癌细胞与对照细胞之间差异表达的蛋白质，发现SUZ12对于USP3介导的胃癌活性是不可或缺的，USP3结合SUZ12，去泛素化SUZ12并使其稳定。SUZ12敲除抑制USP3诱导的迁移、侵袭和EMT。临床样本检查证实USP3表达与SUZ12蛋白表达呈正相关，USP3或SUZ12蛋白水平与E-cadherin水平呈负相关。这些结果表明USP3-SUZ12信号通路促进胃癌发展。

【研究内容】：本研究探讨了泛素相关蛋白样因子2 (UBAP2L)在应激颗粒(SG)动态调控中的细胞和分子机制，发现UBAP2L蛋白在SG的组装和拆卸中都是必需的。其UBAP2L的RGG (Arg-Gly-Gly)基序介导SG组分（包括mRNP、RBP和核糖体亚基等）的招募；UBAP2L的未知功能域(DUF)与G3BP1/2蛋白相互作用，其缺失导致了UBAP2L和G3BP1/2的胞质-核转运，从而影响SG的形成。蛋白质精氨酸甲基转移酶PRMT1通过靶向RGG基序使UBAP2L不对称二甲基化。精氨酸甲基化的增加抑制了UBAP2L与SG组分的相互作用，且抑制了SG的组装。这些结果为UBAP2L调节SG动力学和RNA代谢的机制提供了新的见解。

【研究内容】：本研究报道了特有囊泡运输调控蛋白FREE1蛋白穿梭入核，在转录水平调控植物ABA信号的全新功能，并揭示了其作用机制。在本研究中，作者发现脱落酸（ABA）处理会导致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修饰并进入细胞核，在细胞核内FREE1蛋白会与ABA信号途径的重要转录因子ABI5等互作并抑制其转录激活活性。其中，为了验证FREE1蛋白中受ABA影响的磷酸化位点，作者用ABA处理样本后，采用IP方法富集了FREE1和FREE1突变体，之后用LC-MS/MS技术检测了FREE1及其突变体的磷酸化位点。

【研究内容】：内切酶G (ENDOG)是一种线粒体核酸酶，已知参与许多细胞过程，但其在自噬中的作用尚不清楚。本研究发现线粒体释放的ENDOG促进饥饿期间的自噬。通过对人类细胞系、小鼠、果蝇和秀丽隐杆线虫的实验发现，这种自噬在物种间是进化保守的。在饥饿状态下，糖原合成酶激酶3-β介导的ENDOG在Thr-128和Ser-288位点的磷酸化增强了其与14-3-3γ的相互作用，导致14-3-3γ释放Tuberin (TSC2)和磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基3 (Vps34)，随后mTOR途径被抑制并开始自噬。或者，ENDOG通过其内切酶活性激活DNA损伤反应并引发自噬。

【研究内容】：通过分析转录抑制复合物NCoR/SMRT在不同细胞环境中的作用，发现该抑制复合物作为体细胞重编程中新的限制因素，对重编程因子诱导的相关基因表达调控起了至关重要的抑制作用，涉及的具体机制是该复合物中组蛋白去乙酰化酶HDAC3对目的基因进行了特异性组蛋白去乙酰化修饰，从而导致重编程因子无法有效地激活内源性的多能性基因。