DNA pull down * 实验原理
DNA pull down是体外条件下研究目标DNA片段与蛋白质相互作用的技术。首先，体外制备带有生物素标记的DNA探针；之后，生物素DNA探针结合到链霉亲和素磁珠上；再将DNA-Beads与细胞裂解液孵育，这样DNA结合蛋白便一起吸附在Beads上；洗涤掉未结合的蛋白后，再用洗脱液将DNA结合蛋白从Beads洗脱下来，得到DNA pull down产物。DNA-protein复合物既可以用Western Blot检测已知蛋白，也可以用质谱鉴定未知蛋白。
辉骏生物10年科研服务经验，专业提供分子互作实验服务，包括蛋白与蛋白、蛋白与DNA、蛋白与RNA、RNA与RNA的相互作用技术，经验丰富，实验结果稳定、可靠。
我公司自有分子、细胞和质谱实验平台，能执行最优的实验路线，对微量互作蛋白的质谱鉴定有充足把控力，对后续功能分析有独到见解。
我们不仅会提供专业的售前方案建议、而且售后技术支持将一直保持到文章发表，确保您安心进行下游实验及投稿。
目前，客户已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功发表大量高分文章（点击查看客户文献）。
DNA pull down * 实验流程
DNA pull-down * 应用背景
DNA pull-down以感兴趣的DNA序列为中心，寻找与该序列结合的蛋白质，最常见的应用是寻找某特定基因启动子的转录因子。
启动子通常位于结构基因5'端上游，含有RNA聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列。转录因子也称反式作用因子，是一种DNA结合蛋白，它能与真核基因的顺式作用元件（如启动子、增强子等）特异性结合来激活或抑制基因表达。转录因子有4个主要结构域：DNA结合域决定转录因子的特异性，转录调控域（包括激活域或抑制域）决定转录因子的功能，寡聚化位点使不同转录因子间发生相互作用，核定位信号控制转录因子进入细胞核。
一个基因的启动子通常会结合多种转录因子，寻找启动子的特异转录因子，有助于我们理解这些启动子下游的功能基因是如何被调控的。
DNA pull down * 服务信息
| 服务项目 | 服务内容 | 结果交付 | 实验周期 | 客户提供 | 价格
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DNA pull-down WB （验证型） | 制备DNA探针 | 探针电泳图 | 4-5周 | 实验样本 目标序列质粒模板 待测蛋白抗体 实验信息表 |
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| Western blot检测待测样本中的待测蛋白 | Western blot检测图 |
DNA pull down捕获目标DNA片段及其结合蛋白 | 待测蛋白Western blot检测图 DNA pull down实验报告 |
DNA pull-down MS （筛选型） | 制备DNA探针 | 探针电泳图 | 6-7周 | 实验样本 目标序列质粒模板 实验信息表
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DNA pull down捕获目标DNA片段及其结合蛋白 | SDS-PAGE银染检测图 DNA pull down实验报告 |
| LC-MS/MS定性检测pull down产物的蛋白、筛选实验组独有蛋白（潜在互作蛋白） | 质谱检测结果及报告 互作蛋白筛选表格 生物信息学分析结果和报告 |
DNA pulldown * 样本要求
样本类型
| DNA pull down WB建议送样量 | DNA pull down MS建议送样量 |
| 动物细胞 | 3*10e7个细胞/组（约3个10cm皿） | 5*10e7个细胞/组（约5个10cm皿） |
| 动物组织 | 1g/组 | 2g/组 |
| 植物叶片 | 2g/组 | 4g/组 |
| 植物根或果实 | 4g/组
| 8g/组 |
| 菌体 | 50ul菌体沉淀/组 | 100ul菌体沉淀/组 |
▲注意：这里列出的均为每组样本的送样量，如果实验和对照组用的样本一致，此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物客服或销售索取。
保存及运输：-80℃保存，干冰取样/运输，至少在送样前2天通知我司。
DNA pull-down * 结果示例
DNA pull down-MS：SDS-PAGE银染检测图
DNA pull-down MS：互作蛋白鉴定表示例
DNA pulldown MS：互作蛋白生信分析结果示例
DNA pull down服务案例—客户文章解析
Gu Z.Y. et al: Overexpression of CLC-3 is regulated by XRCC5 and is a poor prognostic biomarker for gastric cancer.
Journal of Hematology & Oncology. 2018. (中科院1区，IF=23.168).
lncRNA LAMP5-AS1通过调控DOT1L甲基转移酶活性促进MLL白血病发展
研究背景
鼻咽癌的已有研究指出，氯离子通道-3(CLC-3)是一种有应用前景的癌症生物标志物；但是，CLC-3能否作为胃癌的预后生物标志物以及它在胃癌中的作用机制却鲜有报道。CLC-3过表达是胃癌不良预后的生物标志物，并且CLC-3可能通过PI3K/AKT信号通路调节细胞增殖和迁移。胃癌中CLC-3过表达的调控机制是：XRCC5结合CLC-3启动子区并增加其启动子活性，并且与PARP1相互作用在转录水平正调控CLC-3的表达。
研究路线
免疫组化实验表明CLC-3在胃痦组织中高表达，且与患者不良预后有关
RNA-seq分析和细胞实验发现敲除CLC-3抑制细胞增殖和迁移，且影响了PI3K/Akt信号通路的很多基因
免疫组化实验表明XRCC5和CLC-3的表达呈正相关，且两者高表达指示患者预后不良
基因表达/敲除和细胞功能实验结果显示CLC-3的表达和功能受XRCC5的调节
CoIP结合质谱实验筛选到了XRCC5的互作蛋白PARP1，体内DNA探针检测发现PARP1也可以与CLC-3启动子结合，XRCC5和PARP1协同调控CLC-3的表达和功能
小鼠移植瘤实验表明CLC-3在体内可也以被XRCC5调控，影响肿瘤生长
DNA-pull down实验客户文章
【研究内容】：DNA甲基化在调节基因表达中起着重要作用，而失调的DNA甲基化参与了各种疾病的发病机制。本研究 利用DNA甲基化芯片技术（MeDIP-chip）检测了首发精神分裂症患者外周血单个核细胞（PBMCs）全基 因组DNA甲基化失调的情况，发现SHANK3启动子高度甲基化。DNA pull down MS和ChIP-qPCR找到并确定了与SHANK3启动子高甲基化区结合并正调控其表达的转录因 子YBX1，表明PBMCs中SHANK3的高甲基化可以作为SCZ的潜在外周生物标志物。
使用相关技术：DNA pull down ms检测、DNA-pull down探针制备实验、DNA pull-down技术服务
【研究内容】：三阴性乳腺癌(TNBC)是最具侵袭性的乳腺癌亚型。TNBC凋亡细胞胞外囊泡的趋化因子阵列分析发现： 胞外囊泡中的CXCL1是激活TAM/PD-L1信号通路的关键成分，CXCL1的敲低可显著抑制胞外囊泡诱导的 TNBC生长和转移。DNA‑pull down MS和Luc等实验也确定了CXCL1能与PD-L1启动子结合，并转录激活 EED介导的PD-L1启动子活性来增强TAM/PD-L1信号转导。此外，TPCA-1可以作为改善TNBC预后的靶向候 选药物，且无明显毒性。
使用相关技术：DNA pull-down ms、DNA pulldown实验检测
【研究内容】：本研究通过双荧光素酶，ChIP，DNA pull down和RNA pull down，RIP等实验发现lnc-GD2H在肌肉再生中的作用：在成肌细胞增殖过程中，c-Myc蛋白与lnc-GD2H启动子结合并调节其转录，促进成肌细胞增殖；在成肌细胞分化过程中，lnc-GD2H与成肌细胞分化相关蛋白NACA相互作用，抑制其在Myog启动子的富集，减轻NACA对Myog的抑制作用，促进Myog表达和成肌细胞分化。
使用相关技术：DNA pull down检测、DNA-pull down探针制备、DNA pull-down质谱实验服务
【研究内容】：本研究报道了家蚕中调控丝素蛋白编码基因所必需的启动子相互作用蛋白（PIP），包括丝素重链(Fibre H)、丝素轻链(FiBL)和一个25kD的多肽蛋白(P25)。作者通过DNA pull down结合质谱分析鉴定与FibH、FiBL和P25启动子区域相互作用的蛋白质，研究首次提供了与丝素基因启动子相互作用的蛋白质的深入图谱，有助于更好地理解丝蛋白的合成调控。
使用相关技术：DNA pulldown MS、DNA pulldown技术
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