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DNA pull down * 实验原理


DNA pull down是体外条件下研究目标DNA片段与蛋白质相互作用的技术。首先,体外制备带有生物素标记的DNA探针;之后,生物素DNA探针结合到链霉亲和素磁珠上;再将DNA-Beads与细胞裂解液孵育,这样DNA结合蛋白便一起吸附在Beads上;洗涤掉未结合的蛋白后,再用洗脱液将DNA结合蛋白从Beads洗脱下来,得到DNA pull down产物。DNA-protein复合物既可以用Western Blot检测已知蛋白,也可以用质谱鉴定未知蛋白。


辉骏生物10年科研服务经验,专业提供分子互作实验服务,包括蛋白与蛋白、蛋白与DNA、蛋白与RNA、RNA与RNA的相互作用技术,经验丰富,实验结果稳定、可靠。

我公司自有分子、细胞和质谱实验平台,能执行最优的实验路线,对微量互作蛋白的质谱鉴定有充足把控力,对后续功能分析有独到见解。

我们不仅会提供专业的售前方案建议、而且售后技术支持将一直保持到文章发表,确保您安心进行下游实验及投稿

目前,客户已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功发表大量高分文章(点击查看客户文献)。




DNA pull down * 实验流程


DNA pull down实验技术服务步骤 dna pulldown WB实验平台公司




DNA pull-down * 应用背景


DNA pull-down以感兴趣的DNA序列为中心,寻找与该序列结合的蛋白质,最常见的应用是寻找某特定基因启动子的转录因子。


启动子通常位于结构基因5'端上游,含有RNA聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列。转录因子也称反式作用因子,是一种DNA结合蛋白,它能与真核基因的顺式作用元件(如启动子、增强子等)特异性结合来激活或抑制基因表达。转录因子有4个主要结构域:DNA结合域决定转录因子的特异性,转录调控域(包括激活域或抑制域)决定转录因子的功能,寡聚化位点使不同转录因子间发生相互作用,核定位信号控制转录因子进入细胞核。


一个基因的启动子通常会结合多种转录因子,寻找启动子的特异转录因子,有助于我们理解这些启动子下游的功能基因是如何被调控的。



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18927549347、13430303037



DNA pull down * 服务信息


服务项目服务内容结果交付实验周期客户提价格

DNA pull-down WB

(验证型)

制备DNA探针探针电泳图4-5周

实验样本

目标序列质粒模板

待测蛋白抗体

实验信息表


点击询价
Western blot检测待测样本中的待测蛋白Western blot检测图

DNA pull down捕获目标DNA片段及其结合蛋白

待测蛋白Western blot检测图

DNA pull down实验报告

DNA pull-down MS

(筛选型)

制备DNA探针探针电泳图6-7周

实验样本

目标序列质粒模板

实验信息表



点击询价


DNA pull down捕获目标DNA片段及其结合蛋白

SDS-PAGE银染检测图

DNA pull down实验报告

LC-MS/MS定性检测pull down产物的蛋白、筛选实验组独有蛋白(潜在互作蛋白)

质谱检测结果及报告

互作蛋白筛选表格

生物信息学分析结果和报告




DNA pulldown * 样本要求


样本类型

DNA pull down WB建议送样量

DNA pull down MS建议送样量

动物细胞3*10e7个细胞/组(约3个10cm皿)5*10e7个细胞/组(约5个10cm皿)
动物组织1g/组2g/组
植物叶片2g/组4g/组
植物根或果实4g/组
8g/组
菌体50ul菌体沉淀/组100ul菌体沉淀/组

▲注意:这里列出的均为每组样本的送样量,如果实验和对照组用的样本一致,此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物客服或销售索取。

 保存及运输:-80℃保存,干冰取样/运输,至少在送样前2天通知我司。



DNA pull-down * 结果示例


DNA pull down实验技术服务结果分析

DNA pull down-MSSDS-PAGE银染检测图



DNA pull down技术服务公司价格

DNA pull-down MS:互作蛋白鉴定表示例



DNA pull-down MS技术服务

DNA pulldown MS互作蛋白生信分析结果示例



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DNA pull down服务案例—客户文章解析


Gu Z.Y. et al: Overexpression of CLC-3 is regulated by XRCC5 and is a poor prognostic biomarker for gastric cancer. 

Journal of Hematology & Oncology. 2018. (中科院1区,IF=23.168).



lncRNA LAMP5-AS1通过调控DOT1L甲基转移酶活性促进MLL白血病发展



研究背景

鼻咽癌的已有研究指出,氯离子通道-3(CLC-3)是一种有应用前景的癌症生物标志物;但是,CLC-3能否作为胃癌的预后生物标志物以及它在胃癌中的作用机制却鲜有报道。CLC-3过表达是胃癌不良预后的生物标志物,并且CLC-3可能通过PI3K/AKT信号通路调节细胞增殖和迁移。胃癌中CLC-3过表达的调控机制是:XRCC5结合CLC-3启动子区并增加其启动子活性,并且与PARP1相互作用在转录水平正调控CLC-3的表达。



研究路线

1

免疫组化实验表明CLC-3在胃痦组织中高表达,且与患者不良预后有关

2

RNA-seq分析和细胞实验发现敲除CLC-3抑制细胞增殖和迁移,且影响了PI3K/Akt信号通路的很多基因

3

双荧光素酶实验确定了CLC-3启动子的活性区域

4

DNA pull down MS实验找到了CLC-3启动子活性区域的潜在结合蛋白XRCC5

5

体内DNA探针检测ChIP-PCR实验都确定了XRCC5蛋白可以结台CLC-3启动子

6

免疫组化实验表明XRCC5和CLC-3的表达呈正相关,且两者高表达指示患者预后不良

7

基因表达/敲除和细胞功能实验结果显示CLC-3的表达和功能受XRCC5的调节

8

CoIP结合质谱实验筛选到了XRCC5的互作蛋白PARP1,体内DNA探针检测发现PARP1也可以与CLC-3启动子结合,XRCC5和PARP1协同调控CLC-3的表达和功能

9

小鼠移植瘤实验表明CLC-3在体内可也以被XRCC5调控,影响肿瘤生长




DNA-pull down实验客户文章


1637896170298984.png YBX1-Mediated DNA Methylation-Dependent SHANK3 Expression in PBMCs and Developing   Cortical Interneurons in Schizophrenia. Adv Sci. 2023. IF=15.1.


【研究内容】:DNA甲基化在调节基因表达中起着重要作用,而失调的DNA甲基化参与了各种疾病的发病机制。本研究 利用DNA甲基化芯片技术(MeDIP-chip)检测了首发精神分裂症患者外周血单个核细胞(PBMCs)全基 因组DNA甲基化失调的情况,发现SHANK3启动子高度甲基化。DNA pull down MS和ChIP-qPCR找到并确定了与SHANK3启动子高甲基化区结合并正调控其表达的转录因 子YBX1,表明PBMCs中SHANK3的高甲基化可以作为SCZ的潜在外周生物标志物。

使用相关技术:DNA pull down ms检测、DNA-pull down探针制备实验、DNA pull-down技术服务



1637896170298984.png

 Chemotherapy-elicited extracellular vesicle CXCL1 from dying cells promotes triple-negative breast cancer metastasis by activating TAM/PD-L1 signaling. J Exp Clin Cancer   Res. 2024. IF=11.3.


【研究内容】:三阴性乳腺癌(TNBC)是最具侵袭性的乳腺癌亚型。TNBC凋亡细胞胞外囊泡的趋化因子阵列分析发现:  胞外囊泡中的CXCL1是激活TAM/PD-L1信号通路的关键成分,CXCL1的敲低可显著抑制胞外囊泡诱导的  TNBC生长和转移。DNA‑pull down MS和Luc等实验也确定了CXCL1能与PD-L1启动子结合,并转录激活  EED介导的PD-L1启动子活性来增强TAM/PD-L1信号转导。此外,TPCA-1可以作为改善TNBC预后的靶向候  选药物,且无明显毒性。

使用相关技术:DNA pull-down ms、DNA pulldown实验检测


1637896170298984.png Chen R. et al: Lnc-GD2H Promotes Proliferation by Forming a Feedback Loop With c-Myc and Enhances Differentiation Through Interacting With NACA to Upregulate Myog in C2C12 Myoblasts. Front Cell Dev Biol. 2021, IF=6.684.

【研究内容】:本研究通过双荧光素酶,ChIP,DNA pull down和RNA pull down,RIP等实验发现lnc-GD2H在肌肉再生中的作用:在成肌细胞增殖过程中,c-Myc蛋白与lnc-GD2H启动子结合并调节其转录,促进成肌细胞增殖;在成肌细胞分化过程中,lnc-GD2H与成肌细胞分化相关蛋白NACA相互作用,抑制其在Myog启动子的富集,减轻NACA对Myog的抑制作用,促进Myog表达和成肌细胞分化。

使用相关技术:DNA pull down检测、DNA-pull down探针制备、DNA pull-down质谱实验服务



1637896170298984.png

 Ma Y. et al: New insights into the proteins interacting with the promoters of silkworm fibroin genes. Scientific Reports. 2021, IF=4.379.

【研究内容】:本研究报道了家蚕中调控丝素蛋白编码基因所必需的启动子相互作用蛋白(PIP),包括丝素重链(Fibre H)、丝素轻链(FiBL)和一个25kD的多肽蛋白(P25)。作者通过DNA pull down结合质谱分析鉴定与FibH、FiBL和P25启动子区域相互作用的蛋白质,研究首次提供了与丝素基因启动子相互作用的蛋白质的深入图谱,有助于更好地理解丝蛋白的合成调控。

使用相关技术:DNA pulldown MS、DNA pulldown技术


DNA pull-down试剂盒-强亲和力/操作简便/周期短-辉骏生物DNA pulldown检测试剂盒


辉骏实力

辉骏DNA-pull down实验技术外包服务

1692065959586092.gif

4899+客户已添加微信获取实验优惠!

辉骏生物提供的DNA pull down实验技术服务分以下两种:

1. DNA Pull down WB,用于检测目标DNA序列与某样本中的待测蛋白是否存在相互作用;

2. DNA Pull down MS,用于筛选目标DNA序列与某样本中的哪些蛋白具有相互作用。

DNA pull down检测服务
服务项目服务内容结果交付实验周期客户提价格
DNA pull-down WB制备DNA探针探针电泳图5-6周

1、实验样本

2、含有目标DNA序列的质粒模板及测序文件

3、待测蛋白抗体

4、实验信息表(样本信息、抗体信息、目标DNA和待测蛋白序列)



点击询价


Western blot检测待测样本中的待测蛋白Western blot检测图

DNA pull down捕获目标DNA片段及其结合蛋白

(2组:实验组、对照组)
RNA pull down实验报告
Western blot检测DNA Pull down产物中的待测蛋白Western blot检测图
DNA pull-down MS
制备DNA探针探针电泳图8-9周

1、实验样本

2、含有目标DNA序列的质粒模板及测序文件

3、实验信息表(样本信息、目标DNA序列)





点击询价






DNA pull down捕获目标DNA片段及其结合蛋白

(2组:实验组、对照组)
pull down实验报告
SDS-PAGE评估DNA pull down产物中的蛋白含量和数量
SDS-PAGE银染检测图
LC-MS/MS定性检测pull down产物的蛋白、筛选实验组独有蛋白(潜在互作蛋白)质谱检索表格、互作蛋白筛选表格、检测报告
针对互作蛋白做生物信息学分析(GO、KEGG pathway、String)生物信息学分析结果和报告1周


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DNA pull down实验服务优势*辉骏生物


1

十年服务经验,客户成果发表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。

2

对围绕DNA结合蛋白开展的整体课题提供全方位指导,包括上下游实验设计和结合蛋白的多方法验证等

3

自有蛋白质组学平台,对dna pull down产物这类微量蛋白的质谱鉴定有十足的把控能力,对后续的生物信息分析有独到的见解

4

售后技术支持将一直保持到客户发表文章,确保客户安心进行下游实验及投稿





DNA pull down实验技术服务样本要求

1. 送样量要求

样本类型DNA pull down WB建议送样量DNA pull down MS建议送样量
动物细胞3*10e7个细胞/组(约3个10cm皿)5*10e7个细胞/组(约5个10cm皿)
动物组织1g/组2g/组
植物叶片2g/组4g/组
植物根或果实4g/组8g/组
菌体50ul菌体沉淀/组100ul菌体沉淀/组

▲注意:这里列出的均为每组样本的送样量,如果实验和对照组用的样本一致,此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物客服或销售索取。

 

2. 样本保存和运输要求

(1)样本用PBS清洗干净后,离心去掉液体,先放入液氮中速冻,再转移至-80℃冰箱中保存;

(2)样本一定要做好标记,应用油性防冻记号笔或标签纸在管上注明样本名称或编号;

(3)样本较多或需要分批做,要将样本分装;

(4)干冰取样/运输;需要至少在送样前一天通知我方。

 



DNA pull-down实验服务结果示例


DNA pull down实验技术服务结果分析

DNA Pull down ms:SDS-PAGE银染检测图


DNA pull down技术服务公司价格

DNA pull down-ms:质谱检索表格(部分展示)





DNA-pull down技术服务客户文章



1637896170298984.png YBX1-Mediated DNA Methylation-Dependent SHANK3 Expression in PBMCs and Developing   Cortical Interneurons in Schizophrenia. Adv Sci. 2023. IF=15.1.


【研究内容】:DNA甲基化在调节基因表达中起着重要作用,而失调的DNA甲基化参与了各种疾病的发病机制。本研究 利用DNA甲基化芯片技术(MeDIP-chip)检测了首发精神分裂症患者外周血单个核细胞(PBMCs)全基 因组DNA甲基化失调的情况,发现SHANK3启动子高度甲基化。DNA pull down MS和ChIP-qPCR找到并确定了与SHANK3启动子高甲基化区结合并正调控其表达的转录因 子YBX1,表明PBMCs中SHANK3的高甲基化可以作为SCZ的潜在外周生物标志物。

使用相关技术:DNA pull down ms检测、DNA-pull down探针制备实验、DNA pull-down技术服务



1637896170298984.png

 Chemotherapy-elicited extracellular vesicle CXCL1 from dying cells promotes triple-negative breast cancer metastasis by activating TAM/PD-L1 signaling. J Exp Clin Cancer   Res. 2024. IF=11.3.


【研究内容】:三阴性乳腺癌(TNBC)是最具侵袭性的乳腺癌亚型。TNBC凋亡细胞胞外囊泡的趋化因子阵列分析发现:  胞外囊泡中的CXCL1是激活TAM/PD-L1信号通路的关键成分,CXCL1的敲低可显著抑制胞外囊泡诱导的  TNBC生长和转移。DNA‑pull down MS和Luc等实验也确定了CXCL1能与PD-L1启动子结合,并转录激活  EED介导的PD-L1启动子活性来增强TAM/PD-L1信号转导。此外,TPCA-1可以作为改善TNBC预后的靶向候  选药物,且无明显毒性。

使用相关技术:DNA pull-down ms、DNA pulldown实验检测



1637896170298984.png Chen R. et al: Lnc-GD2H Promotes Proliferation by Forming a Feedback Loop With c-Myc and Enhances Differentiation Through Interacting With NACA to Upregulate Myog in C2C12 Myoblasts. Front Cell Dev Biol. 2021, IF=6.684.

【研究内容】:本研究通过双荧光素酶,ChIP,DNA pull down和RNA pull down,RIP等实验发现lnc-GD2H在肌肉再生中的作用:在成肌细胞增殖过程中,c-Myc蛋白与lnc-GD2H启动子结合并调节其转录,促进成肌细胞增殖;在成肌细胞分化过程中,lnc-GD2H与成肌细胞分化相关蛋白NACA相互作用,抑制其在Myog启动子的富集,减轻NACA对Myog的抑制作用,促进Myog表达和成肌细胞分化。

使用相关技术:DNA pull down检测、DNA-pull down探针制备实验、DNA pull-down质谱实验服务



1637896170298984.png

 Ma Y. et al: New insights into the proteins interacting with the promoters of silkworm fibroin genes. Scientific Reports. 2021, IF=4.379.

【研究内容】:本研究报道了家蚕中调控丝素蛋白编码基因所必需的启动子相互作用蛋白(PIP),包括丝素重链(Fibre H)、丝素轻链(FiBL)和一个25kD的多肽蛋白(P25)。作者通过DNA pull down结合质谱分析鉴定与FibH、FiBL和P25启动子区域相互作用的蛋白质,研究首次提供了与丝素基因启动子相互作用的蛋白质的深入图谱,有助于更好地理解丝蛋白的合成调控。

使用相关技术:DNA pull-down ms、DNA pulldown技术服务





DNA pull down实验技术参考文献


1. Wang R.H. et al: A requirement for breast-cancer-associated gene 1(BRCA1) in the spindle checkpoint. PANS. 2004,IF=9.58.
【研究内容】:研究表明BRCA1缺陷型细胞的有丝分裂受到影响,存在纺锤体检查点缺陷。作者检测和纺锤体检查点密切相关的几个基因,发现BRCA1缺陷型Mad2基因表达水平变化明显,由此推测BRCA1是通过影响Mad2的表达,从而影响有丝分裂的。DNA pull down及ChIP-qPCR实验证实了BRCA1可以和Mad2启动子结合,进一步研究发现BRCA1确实上调Mad2的表达,从而影响有丝分裂。
使用相关技术:dna pull down检测、DNA-pull down探针、DNA pull down质谱


2.  Charles E. Foulds.et al: Proteomic Analysis of Coregulators Bound to ERα on DNA and Nucleosomes Reveals Coregulator Dynamics.Mol Cell.2013,IF=15.584.
【研究内容】:转录辅助调节因子(COR)在基因的激活或抑制中起着核心作用,研究者使用生物素-DNA pull down实验和IP结合质谱分析的方法,鉴定与E2配体ERα结合的协同调节子,提取出至少17个转录辅助调节因子。研究发现组蛋白H3K4三甲基标记(H3K4me3)刺激ERα介导转录的机制;H3K4me3模板在ATP和AcCoA存在的情况下促进特定的COR动力学。
使用相关技术DNA pulldown技术服务、DNA pulldown WB、DNA pulldown MS实验



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 货号 规格 货期价格
  FI8901(动物) 12次/24次/40次 现货


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  FI8911(植物) 12次/24次/40次 现货
   FI8921(微生物)
12次/24次/40次
现货


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DNA Pull-down试剂盒简介


DNA pull down是检测DNA及其结合蛋白之间相互作用的主要实验手段之一,通常用来分析与目标基因调控区域相结合的转录因子及其他调控蛋白。DNA pull-down试剂盒采用链霉亲和素磁珠来高效调取生物素标记的目标DNA序列及其结合蛋白。首先针对目标区域制备生物素化的 DNA 探针,之后利用链霉亲和素磁珠捕获目标DNA探针,再与待测样本核蛋白孵育,洗涤去除未结合的蛋白,即可得到“目标DNA探针-蛋白质”复合物,这种互作复合物既可以用Western blot检测已知蛋白,也可以用质谱(LC-MS/MS)鉴定未知蛋白。





DNA pull-down试剂盒应用


DNA pull-down以感兴趣的DNA序列为中心,寻找与该序列结合的蛋白质,最常见的应用是寻找某特定基因启动子区域的转录因子。转录因子是一种DNA结合蛋白,它能够与真核基因的顺式作用元件(如启动子、增强子等)特异性结合来激活或抑制基因表达。以下列举了可应用DNA pulldown试剂盒的几个研究方向:

1、特定基因的转录因子筛选研究

2、转录因子靶向结合特定基因的验证研究

3、转录因子结合定位或与其他蛋白质相互作用

4、DNA修饰结合修饰酶、去修饰酶及读取酶研究




DNA pull down试剂盒-辉骏生物产品优势


1、调取效率高:链霉亲和素磁珠和生物素具有强大的亲和力,且磁珠背景噪音低,特异性强。
2、裂解效率高
优化的裂解液配方适用于动物、植物、真菌等各类型细胞或组织样本。

3、适配下游检测:竞争洗脱效率高,蛋白无需变性,更有利于蛋白的质谱检测;
4、操作简便,实验周期短,适合初学者。

辉骏生物DNA pulldown试剂盒




DNA pulldown试剂盒组分


 试剂名称 体积(12 Tsets)体积(24 Tests)
 保存条件
 链霉亲和素磁珠 500 μL1 mL
 4 ℃
裂解缓冲液
7 mL14 mL4 ℃
 NT2缓冲液 16mL32 mL 4 ℃
 漂洗液 32mL64 mL 4 ℃
 洗脱缓冲液 650 μL1.3 mL -20 ℃
蛋白酶抑制剂230 μL460 μL-20 ℃




DNA Pull Down试剂盒使用流程简述


1. 提取细胞核蛋白;

2. 根据目标DNA序列制备生物素标记的探针

3. 利用链霉亲和素磁珠捕获生物素化的DNA探针

4. DNA探针与待测核蛋白液孵育,调取目标DNA的结合蛋白




DNA pull down检测试剂盒使用案例


DNA pulldown WB结果.jpg

 DNA Pull Down预测结合蛋白的western-blot检测图




辉骏实力

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