RNA pull down是体外条件下寻找目标RNA的结合蛋白的方法。先将体外转录的RNA结合到Beads上,再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育,这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后,用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来,之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白,还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。
辉骏生物10年科研服务经验,专业提供分子互作实验服务,包括蛋白与蛋白、蛋白与DNA、蛋白与RNA、RNA与RNA的相互作用技术,经验丰富,实验结果稳定、可靠。
我公司自有分子、细胞和质谱实验平台,能执行最优的实验路线,对微量互作蛋白的质谱鉴定有充足把控力,对后续功能分析有独到见解。
我们不仅会提供专业的售前方案建议、而且售后技术支持将一直保持到文章发表,确保您安心进行下游实验及投稿。
目前,客户已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功发表大量高分文章(点击查看客户文献)。
RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)是一类功能强大而广泛的调节因子,约占细胞编码的所有蛋白的5%~10%。目前除了少数RNA以核酶形式单独发挥功能,大部分RNA通过与蛋白结合形成RNA-蛋白复合物来发挥作用。
一方面,RBP参与RNA合成、可变剪接、修饰、转运、翻译及胞内定位等多个转录后调控过程,调控mRNA稳定性、lncRNA活性、miRNA沉默复合体形成等生物学过程;另一方面,RNA也会调节这些蛋白质的活性、定位或与其他蛋白质相互作用,从而影响RBP介导的各种细胞事件。RNA与蛋白质的相互作用对于维持细胞稳态是非常重要的,干扰这种相互作用将会导致细胞功能失调和相关疾病的发生。
目前研究RNA-蛋白质相互作用的方法分为两大类:一是以感兴趣的RNA为中心,寻找与该RNA结合的蛋白质;二是以感兴趣的蛋白质为中心,寻找与该蛋白质结合的RNA。RNA pull down属于前者,通过体外转录的方式将感兴趣的RNA带上标签,通过该标签使RNA结合到树脂支持物上,再加入样本蛋白质与RNA结合,洗涤、洗脱得到与目标RNA结合的蛋白质。
服务项目 | 服务内容 | 结果交付 | 实验周期 | 客户提供 | 价格 |
RNA pull down WB (验证型) | 制备RNA正义链和反义链探针 | 探针电泳图 | 4-5周 | 实验样本 目标基因质粒模板 待测蛋白抗体 实验信息表 | |
Western blot检测样本中的待测蛋白 | Western blot检测图 | ||||
RNA pull down捕获目标RNA及其结合蛋白 | RNA pull down实验报告 Western blot检测图 | ||||
RNA pull down MS (筛选型) | 制备RNA正义链和反义链探针 | 探针电泳图 | 6-7周 | 实验样本 目标基因质粒模板 实验信息表 | |
RNA pull down捕获目标RNA及其结合蛋白 | SDS-PAGE银染检测图 RNA pull down实验报告 | ||||
LC-MS/MS检测及数据分析 | 质谱检索结果及报告 互作蛋白筛选表格 生信分析结果和报告 |
样本类型 | RNA pull down WB建议送样量 | RNA pull down MS建议送样量 |
动物细胞 | 3*10e7个细胞/组(约3个10cm皿) | 5*10e7个细胞/组(约5个10cm皿) |
动物组织 | 1g/组 | 2g/组 |
植物叶片 | 2g/组 | 4g/组 |
植物根或果实 | 4g/组 | 8g/组 |
菌体 | 50ul菌体沉淀/组 | 100ul菌体沉淀/组 |
▲注意:以上均为每组样本的送样量,如果实验和对照组用的样本一致,此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物索取。
保存及运输:-80℃保存,干冰取样/运输,至少在送样前2天通知我司。
左:RNA pull down WB检测图(阳性); 右:RNA pull down MS产物银染图
RNA pull down MS质谱检索表格(部分展示)
正义链组独有蛋白(潜在结合蛋白)的生物信息学分析结果(部分展示)
The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia.
Journal of Hematology & Oncology. 2020. (中科院1区,IF=23.168)
大量的临床样本检测发现,一个长链非编码RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表达,因此研究者们继续探索了它在MLL中的的作用机制。通过RNA pull down和RIP-qPCR技术,他们发现了LAMP5-AS1的潜在结合蛋白—DOT1L(一种H3K79甲基转移酶),并通过ChIP-seq和ChIP-qPCR实验证明LAMP5-AS1能够影响MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平。本研究确定了lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病细胞的自我更新和分化阻滞中起重要的作用,对维持DOT1L酶的高活性有重要意义,可能成为治疗MLL白血病的一个有价值的靶点。
1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research, 2015. 中科院1区,IF=46.297. 【研究内容】:作者通过RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技术,证实了lincRNA-p21与HNRNPK结合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成复合物。该复合物甲基化了多能性基因的启动子序列及相应组蛋白,并改变了它们的表达量,从而进一步影响体细胞重编程过程。 使用相关技术:RNA pull-down |
2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 2018. 中科院1区,IF=47.99. |
3. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene, 2020. 中科院1区,IF=8.756. |
1
十年服务经验,客户成果发表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。
2
对围绕RNA结合蛋白开展的整体课题提供全方位指导,包括上下游实验设计和结合蛋白的多方法验证等。
3
自有蛋白质组学平台,对RNA pull down产物这类微量蛋白的质谱鉴定有十足的把控能力,对后续的生物信息分析有独到的见解。
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售后技术支持将一直保持到客户发表文章,确保客户安心进行下游实验及投稿。
辉骏实力
1. RNA pull down WB,用于检测目标RNA与某样本中的待测蛋白是否存在相互作用;
2. RNA pull down MS,用于筛选目标RNA与某样本中的哪些蛋白具有相互作用。
RNA Pull down检测服务 | |||||
服务项目 | 服务内容 | 结果交付 | 实验周期 | 客户提供 | 价格 |
RNA pull down WB | 制备RNA正义链和反义链探针 | 探针电泳图 | 5-6周 | 1、实验样本 2、含有目标基因序列的质粒模板及测序文件 3、待测蛋白抗体 4、实验信息表(样本信息、抗体信息、目标RNA和待测蛋白序列) | |
Western blot检测待测样本中的待测蛋白 | Western blot检测图 | ||||
RNA pull down捕获目标RNA及其结合蛋白 (2组:正义链孵育组、反义链孵育组) | RNA pull down实验报告 | ||||
Western blot检测RNA Pull down产物中的待测蛋白 | Western blot检测图 | ||||
RNA pull down MS | 制备RNA正义链和反义链探针 | 探针电泳图 | 8-9周 | 1、实验样本 2、含有目标基因序列的质粒模板及测序文件 3、实验信息表(样本信息、目标RNA序列) | |
RNA pull down捕获目标RNA及其结合蛋白 (2组:正义链孵育组、反义链孵育组) | pull down实验报告 | ||||
SDS-PAGE评估RNA pull down产物中的蛋白含量和数量 | SDS-PAGE银染检测图 | ||||
LC-MS/MS定性检测pull down产物的蛋白、筛选实验组独有蛋白(潜在互作蛋白) | 质谱检索表格、互作蛋白筛选表格、检测报告 | ||||
针对互作蛋白做生物信息学分析(GO、KEGG pathway、String) | 生物信息学分析结果和报告 | 1周 |
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十年服务经验,客户成果发表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。
2
对围绕RNA结合蛋白开展的整体课题提供全方位指导,包括上下游实验设计和结合蛋白的多方法验证等。
3
自有蛋白质组学平台,对RNA pull down产物这类微量蛋白的质谱鉴定有十足的把控能力,对后续的生物信息分析有独到的见解。
4
售后技术支持将一直保持到客户发表文章,确保客户安心进行下游实验及投稿。
样本类型 | RNA pull down WB建议送样量 | RNA pull down MS建议送样量 |
动物细胞 | 3*10e7个细胞/组(约3个10cm皿) | 5*10e7个细胞/组(约5个10cm皿) |
动物组织 | 1g/组 | 2g/组 |
植物叶片 | 2g/组 | 4g/组 |
植物根或果实 | 4g/组 | 8g/组 |
菌体 | 50ul菌体沉淀/组 | 100ul菌体沉淀/组 |
▲注意:这里列出的均为每组样本的送样量,如果实验和对照组用的样本一致,此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物客服或销售索取。
(1)样本用PBS清洗干净后,离心去掉液体,先放入液氮中速冻,再转移至-80℃冰箱中保存;
(2)样本一定要做好标记,应用油性防冻记号笔或标签纸在管上注明样本名称或编号;
(3)样本较多或需要分批做,要将样本分装;
(4)干冰取样/运输;需要至少在送样前一天通知我方。
RNA pulldown WB:Western blot检测图(阳性)
RNA pull-down MS:SDS-PAGE银染检测图
RNA pull down-MS:质谱检索表格(部分展示)
【研究内容】:作者通过RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技术,证实了lincRNA-p21与HNRNPK结合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成复合物。该复合物甲基化了多能性基因的启动子序列及相应组蛋白,并改变了它们的表达量,从而进一步影响体细胞重编程过程。 使用相关技术:rna pull-down、RNA-蛋白相互作用 |
2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods,15(3): 213–220. 2018,IF=28.467. |
3. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology.2020,IF=11.059. |
4. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene. 2020,IF=7.971. |
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名称 | 货号 | 规格 | 货期 | 价格 |
F2 RNA pull down试剂盒 | FI8701(动物) | 12次/24次/40次 | 现货 | |
FI8711(植物) | 12次/24次/40次 | 现货 | ||
FI8721(微生物) | 12次/24次/40次 | 现货 | ||
生物素RNA pull down试剂盒 | FI8702(动物) | 12次/24次/40次 | 现货 | |
FI8712(植物) | 12次/24次/40次 | 现货 | ||
FI8722(微生物) | 12次/24次/40次 | 现货 |
辉骏生物自主研发的 F2-RNA pull-down 试剂盒(专利号:ZL202111160837.9),利用一段只有16nt的RNA标签“F2”与目标RNA连接,通过固定在磁珠上的特异性配体与F2标签的强亲和力,高效调取目标RNA,同时捕获与之结合的蛋白;之后可以采用Western Blot技术检测特定蛋白,也可以采用质谱(LC-MS/MS)技术鉴定未知蛋白。
辉骏生物FII-RNA pull down试剂盒和方法及其应用专利证书
RNA结合蛋白(RBPs)是一类功能强大而广泛的调节因子,约占细胞编码的所有蛋白的5%-10%。除了少数RNA以核酶形式单独发挥功能,大部分RNA通过与蛋白结合形成RNA-蛋白复合物来发挥作用。一方面,RBP参与RNA调控,另一方面,RNA也会调控RBPs。以下列举了可应用F2-RNA pull down试剂盒几个研究方向:
1. RNA活性、转运、定位调控;
2. RNA稳定性、翻译和降解;
3. RNA合成、可变剪切;
4. RNA修饰;
5. RBPs的活性、定位或与其他蛋白质相互作用。
试剂名称 | 体积(12 Tests) | 体积(24 Tests) | 保存条件 |
磁珠 | 500 μL | 1 mL | 4 ℃ |
裂解缓冲液 | 7 mL | 14 mL | 4 ℃ |
NT2缓冲液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
RNA结构缓冲液 | 650 μL | 1.3 mL | 4 ℃ |
漂洗液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
洗脱缓冲液 | 650 μL | 1.3 mL | -20 ℃ |
蛋白酶抑制剂 | 230 μL | 460 μL | -20 ℃ |
RNase抑制剂 | 65 μL | 130μL | -20 ℃ |
F2配体 | 250 μL | 500 μL | -20 ℃ |
1、F2标签是一段RNA序列,可以连接和标记各种类型的RNA;
2、F2标签很短,只有16nt,几乎不影响目标RNA的结构或功能;
3、可以用于体内或体外标记目标RNA;
4、F2标签与其特异性配体具有很强亲和力,能够高效调取F2-RNA及其结合蛋白。
RNA pull-down是检测RNA及其结合蛋白(RNA binding protein,RBP)之间相互作用的主要实验手段之一。生物素-RNA pull down试剂盒利用体外转录的生物素标记RNA来模拟天然RNA分子,作为探针,与样本裂解液孵育,探针与裂解液中的蛋白形成RNA-蛋白质复合物;通过链霉亲和素磁珠与生物素之间的强亲和力,特异性捕获生物素标记的RNA,从而实现RNA结合蛋白(RBPs)的捕获富集;之后可以采用Western Blot技术检测特定蛋白,也可以采用质谱(LC-MS/MS)技术鉴定未知蛋白。
试剂名称 | 体积(12 Tests) | 体积(24 Tests) | 保存条件 |
链霉亲和素磁珠 | 500 μL | 1 mL | 4 ℃ |
裂解缓冲液 | 7 mL | 14 mL | 4 ℃ |
NT2缓冲液 | 16 mL | 32 mL | 4 ℃ |
RNA结构缓冲液 | 650 μL | 1.3 mL | 4 ℃ |
漂洗液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
洗脱缓冲液 | 650 μL | 1.3 mL | -20 ℃ |
蛋白酶抑制剂 | 230 μL | 460 μL | -20 ℃ |
RNase抑制剂 | 65 μL | 130μL | -20 ℃ |
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