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服务介绍应用案例

DIA非标定量实验原理


数据非依赖性扫描模式(Data-independent acquisition, DIA)是基于静电场轨道阱Orbitrap带来的一项全新的、全息式数据非依赖性采集定量技术,是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式。该技术将传统蛋白质组的高通量和质谱绝对定量MRM/PRM的精确定量及高重复性等优点集于一体。
    
通过液质联用技术(LC-MS/MS)将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂及检测,从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息;无需指定目标肽段,扫描点数均匀,利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选,并可实现数据回溯。




DIA技术流程



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DIA技术应用


1、蛋白鉴定和定量;
2、差异蛋白的筛选和鉴定。




 

DIA实验*辉骏服务优势

1

近十年服务经验,众多服务案例,服务成果得到优秀期刊认可


2

对蛋白筛选与定量、低丰度蛋白鉴定方面有独到见解,擅长针对客户情况提出合适的方案建议


3

自有分子及细胞生物实验平台,能有效制定并执行最优的实验路线


4

售后技术支持将一直保持到客户发表文章,确保客户安心进行下游实验及投稿






DIA技术实验服务信息


项目名称

客户提供

结果交付

实验周期

DIA

原始样本(干冰运输,广州地区可上门取样)
样本信息表
分析要求

1、蛋白鉴定结果表
2、蛋白定量结果表
3、生物信息学分析结果
4、质谱原始数据
5、实验报告

样本数<30个,8-9周;

每多30个样本加10天




DIA技术实验 客户文献


1.Katalin B. et al:Reproducibility, Specificity and Accuracy of Relative Quantification Using Spectral Library-based Data-independent Acquisition. Mol Cell Proteomics. 2020,IF=4.87.

【研究内容】:在本研究中,研究者利用金标数据集,分析了DIA使用的不同光谱库生成方法对于识别和定量的影响。研究表明,DIA在定量重复性、特异性和准确性方面均优于DDA技术,且DIA在低蛋白质含量的量化方面也优于DDA技术。
使用技术:DIA全息扫描定量、dia实验检测


2.Jarrett D. et al:Multiplexed Peptide Analysis using Data Independent Acquisition and Skyline. Nat Protoc. 2015,IF=10.419.
【研究内容】:研究者使用数据独立采集(DIA)来定量复杂混合物中的肽。在该过程中,使用数据依赖采集(DDA)生成光谱库,并从库中所有肽的DIA数据中提取色谱图。与SRM类似,DIA数据的定量是基于提取的MS/MS色谱图曲线下的面积。文中还详细介绍了一种基于目标MS/MS采集的适用于DIA的质量控制方法。
使用技术:DIA蛋白组学实验服务、蛋白dia定量、非标定量DIA实验外包


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中文标题:基于数据独立采集和Skyline的多肽分析


发表期刊:Nature protocols

影响因子:13.491

运用技术:DIA非标定量蛋白质组学(由辉骏生物提供技术支持)


 



● 内容概述


本研究描述了在Q-Exactive质谱仪上使用数据独立采集(DIA)在Skyline靶向蛋白质组学环境下检测和定量复杂混合物中的多肽。DIA对MS/MS光谱的系统获取与DDA相反,DDA获取的MS/MS光谱只适用于鉴定一组随机采样的多肽。与选择性反应监测(SRM)类似,可以使用有针对性的色谱提取从DIA数据中定量多肽。与SRM不同,数据采集不限于预先确定的一组目标肽。在该方案中,使用数据依赖采集(DDA)生成光谱库,并从库中所有肽的DIA数据中提取色谱图。与SRM类似,DIA数据的定量是基于提取的MS/MS色谱图曲线下的面积。此外,还详细介绍了一种适用于DIA的基于目标MS/MS采集的质量控制方法。

 



● 方法流程


数据独立获取(DIA)是一种相对较新的基于质谱的技术,用于系统收集串联质谱数据。DIA获取的数据集被描述为样本的“分子快照”,因为该数据可以查询任何可检测到的肽,既可以监测多肽的存在,也可以监测样品中多肽丰度的变化。因此,DIA非常适合研究人员需要测量数百种(或更多)蛋白质的应用,或者研究人员希望在不需要获取额外数据集的情况下灵活地研究多个假设的应用。本研究描述了如何使用DIA获取和分析用于肽分析的质谱数据。与选择性反应监测(SRM)或平行反应监测(PRM)等靶向采集方法相比,DIA的方法设置更简单,后者需要复杂的程序来测量约50个以上的肽。

 


DIA几乎只用于“自下而上”的质谱分析,即在分析之前使用蛋白水解酶(例如胰蛋白酶)将蛋白质消化成多肽。与完整蛋白质相比,合成的多肽降低了理化多样性,简化了样品制备,提高了质谱灵敏度(图1)。消化后,肽通过反相高效液相色谱(RP-HPLC)分离,并通过电喷雾电离(ESI)接口直接发射到质谱仪。在捕集仪器(如Q-Exactive)上,传输到质谱仪的离子在短时间内被收集,并通过质谱(MS)或串联质谱(MS/MS)进行分析。


图片.png

 

没有“一刀切”的DIA方法。设计最佳DIA方法的一些关键考虑因素是样品复杂性、色谱条件、所使用的质谱仪以及所需的灵敏度。DIA方法的许多参数可能需要根据实验进行调整。DIA方法的一些关键性能特征包括:MS/MS隔离宽度、色谱采样率、M/Z覆盖范围、分辨率、质量精度、AGC目标和最大离子注入时间、样品注射次数等。

 


引用文献:

 

Jarrett D. et al:Multiplexed peptide analysis using data-independent acquisition and Skyline.Nature protocols. 2015, IF=13.491

 

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