蛋白质测序是一种通常利用 质谱 (MS) 来确定蛋白质氨基酸代码的方法。 在质谱法发展之前， Edman 降解 是一种涉及逐步降解肽以推导氨基酸顺序的方法，是主流方法。 如今，质谱法因其易用性和高通量能力而受到青睐，尽管 Edman 降解仍用于该技术非常适合的特定应用。

蛋白质测序经常与 DNA 测序进行比较，因为两者都用于生物鉴定。 然而，出于几个原因，研究人员可能会选择蛋白质测序而不是 DNA 测序。 首先，与 DNA 测序相比，蛋白质测序产生的针对序列库的随机匹配要少得多。 这是因为 DNA 依赖于四个碱基（A、T、C、G）。 因此，偶然预计两个不相关的 DNA 序列具有 25% 的相似性。 相比之下，蛋白质序列可以由 20 种不同的氨基酸生成，因此具有更高的灵敏度。 此外，尽管 DNA 数据库目前的规模要大得多，但与蛋白质数据库相比，它们受到更多冗余序列的困扰。 这意味着研究人员可以预期会遇到更少的蛋白质测序随机命中 。

其次，虽然 DNA 测序为了解可能产生的潜在细胞蛋白提供了一个窗口，但蛋白质测序还可以提供有关翻译后修饰 (PTM) 的信息，这些信息有助于蛋白质的结构和功能 。 因此，蛋白质测序在识别分子途径中存在的实际效应物方面特别有用。

新的蛋白质测序

目的从头是在不依赖先前建立的数据库的情况下，在给定 MS 光谱的情况下重建肽/蛋白质的氨基酸序列。 这种强大的方法是表征蛋白质的关键，特别是新的蛋白质序列。

从头蛋白质测序在抗体测序方面引起了很多关注。 抗体是我们免疫系统中必不可少的分子，是诊断和治疗领域的宝贵工具。 在标准商业条件下，一旦给动物接种了所需的抗原，就开始产生抗体。 这驱动了一种免疫反应，包括浆细胞的基因超突变和产生多克隆抗体的重排事件。 使用杂交瘤生成和单 B 细胞测序等分子技术，研究人员可以从混合物中分离出单个克隆（单克隆抗体）。

至关重要的是，用相同的抗原对原始动物进行免疫将产生不同批次的单克隆抗体——每一种都具有独特的特定活性。  在这种情况下，DNA 测序可用于识别匹配的抗体；  然而，由于它涉及广泛的生物信息学分析和详细的工作流程，研究人员通常会选择另一种方法。

从头 使用质谱进行 当与互补的生物物理和生化方法结合使用时，该方法还可以阐明抗体的结构、亲和力和 PTM。 此外， 从头蛋白质测序的一个重要特征是它避免了从基于同源性的数据库 。 因此，它是抗体验证过程的关键工具。

从实际的角度来看， 从头蛋白质测序特别有用，因为它可以在产生抗体的细胞系结束、DNA 不可用或生产动物死亡时使用。 因此，基于 MS 的 从头 蛋白质测序 是商业和非商业抗体研究和开发的绝佳工具。

辉骏生物：引领抗体蛋白测序

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