在非靶向代谢组学方法中,在一个样本中研究了数千种代谢物。然而,该化合物的化学特性在靶向方法中并不为人所知。在研究期间或研究完成后获取有关化合物的数据,这些信息用于注释或确定代谢物。
为了最大限度地解释样品及其影响,以非靶向方法进行稳健的化合物鉴定。 通过可靠的识别或注释,可以对单个研究进行生物数据解释,并且可以比较来自不同研究组的数据。
代谢组学标准倡议 (MSI) 和代谢组学报告核心信息 (CIMR) 的化学分析工作组 (CAWG) 将代谢物分为四类。 他们是:
★ 1 级:已鉴定的代谢物
★ 级别 2:假定注释的化合物
★ 第 3 级:假定表征的复合类别
★ 4级:未知化合物
研究人员在报告代谢物时需要清楚地区分和确定水平。 大多数已被鉴定、表征和报道的代谢物都是非新的。 第一次未识别的代谢物将根据与可靠样品的共同表征进行识别。 提供了已确定的 1 级非新型化合物的最低报告标准。无法在商业上获得的代谢物被确定为推定的注释化合物(2 级)。 这些代谢物没有化学参考标准; 然而,它们是根据与光谱数据库一致的物理化学特性来识别的。在光谱和化学数据库中,没有为鉴定为假定特征化合物类别(3 级)的代谢物提出结构。 这些化合物的识别取决于给定化学类别化合物的独特物理化学相似性或光谱特性。
当化合物未被识别或分类时,它们被称为未知化合物(4 级),但可以根据可用的光谱数据进行区分和计算。
CAWG 支持识别新型代谢物的传统原则,并建议研究人员按照国际纯粹与应用化学联合会 (IUPAC) 命名法命名该化合物。
对于非新型代谢物,IUPAC 提供了化合物分类的标准。 由于这些名称冗长且最复杂,因此它们被替换为短名称和常用名称。
下面提到的数字标识符可用于引用化合物。
★ IUPAC 国际化学品标识符 (InChI)
★ 具有生物意义的化学实体 (ChEBI)
★ 简化分子输入线输入规范 (SMILES)
★ 化学文摘社 (CAS)
★ PubChem 化合物标识符 (CID)
★ 摩尔文件
CAS 编号的专有属性使其不太受欢迎。通常首选 InChI、CID 和 SMILES 代码。CAWG 建议使用 InChI 代码,因为它们便于数据交换和与数据库通信,并建议研究人员至少报告一个 IUPAC 化学名称或任何通用名称以及已识别的代谢物的结构代码,以便公开它们。
对于未鉴定的代谢物,建立了报告它们的最低标准。 例如,对于所有未知的化合物,杀虫剂或除草剂需要与内源性代谢物彻底区分开来。
有许多重要的倡议和团体致力于进一步开发和应用这些标准。
★ MetaboLights 是第一个满足 MSI 报告元数据标准的通用公共代谢组学存储库。 作者可以报告化合物的正确预期名称,并将其映射到可用的代谢物数据库,例如 ChEBI,并且还定义了置信水平。 分析元数据有助于跟踪未知的化合物。
★ METLIN 是一个精选数据库,提供多种搜索功能,包括对未知化合物表征的相似性搜索。
★ isoMETLIN 代谢物数据库旨在用于基于同位素的代谢组学。 可以使用 isoMETLIN 识别包含同位素标记的代谢物。 在 isoMETLIN 的帮助下,用户可以搜索来自 METLIN 数据库的超过 100 万个计算得到的同位素体。 根据 13C 或 15N 等特定同位素和质荷比值,进行搜索。
★ 代谢组学标准协调 (COSMOS) 协助整个欧盟的数据提供者建立和推广标准,以便更轻松地分发代谢组学数据。
★ Metabolomics Workbench 有助于更新可用的标准并创建代谢组学中缺少的标准。
★ 代谢组学学会发起了代谢物鉴定任务组和数据标准,以确保标准不断发展以满足未来的要求。 该协会的目标是在参与标准制定的人员和其他利益相关者之间提供有效的沟通和协调。 代谢物鉴定工作组的作用是让社区成员参与有关使用报告标准来鉴定化合物的活动。
项目名称 | 客户提供 | 结果交付 | 实验周期 | 价格 |
非靶向代谢组学 | 待测样本 | 1、差异代谢物检测结果 | 5-6周 |
1. 送样量要求
样本类型 | 建议送样量 |
血清、血浆 | 200 μL;注意如果发生溶血,请重新采样 |
尿液、羊水、精浆、细胞上清 | 1 mL |
组织 | 200 mg |
细胞 | 1*10e7个 |
粪便 | 200 mg |
植物鲜样 | 3 g |
植物干样 | 1 g |
▲注意:为保证数据的可靠性,建议生物学重复不少于6个。其他未列明的样本请详询客服或销售人员。
2. 样本保存和运输要求
(1)样本于-80℃冰箱中保存,干冰取样/运输,请至少在送样前一天通知我方;
(2)样本一定要做好标记,应用油性防冻记号笔或标签纸在管上注明样本名称或编号;
(3)样本较多或需要分批做,要将样本分装。
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