蛋白互作验证是分子机制、信号通路研究及SCI论文的核心内容，Co‑IP免疫共沉淀是体内验证蛋白互作的主流技术。

实验设计阶段，很多科研人员常有以下困惑： 

1. 该用定性Co‑IP验证互作，还是定量Co‑IP分析互作？

2. 两种实验操作相近，核心区别是什么？ 

3. 选错实验为何会数据失效、重复性差？ 

4. 哪些情形会被审稿人质疑，耽误课题进度？ 

辉骏生物结合多篇SCI文献，解析定性、定量Co‑IP的原理、实操要点、优缺点及应用场景，为蛋白互作实验设计提供参考。

定性还是定量Co-IP，如何选择❓

定性Co-IP的应用
定性Co-IP主要判断蛋白A与蛋白B是否存在互作，不能准确评价互作强弱，也不能直接证明二者为直接结合。只检测蛋白和蛋白之间有无相互结合。

定量Co-IP的应用

定量Co-IP主要通过药物刺激、基因调控或引入靶蛋白C等外界条件处理，比较蛋白A与蛋白B相互结合程度的变化，判断二者互作是增强还是减弱。

可用于分析不同处理条件对蛋白互作影响，但不能直接证明二者为直接结合。主要检测蛋白与蛋白之间互作程度变化。

定性Co-IP操作要点和案例分析

1、内源定性Co-IP

细胞或者组织内，自然存在的A和B靶蛋白的相互结合。

（1）操作要点

不做任何处理，用野生型的细胞或者组织直接做。

（2）案例解读

实验设计：实验组用诱饵蛋白抗体（这里是CXCR3抗体)，对照组用同种属的正常IgG。

图1 Co-IP检测CXCR3与Beclin1互作

2、外源定性Co-IP

通过转染A质粒，检测外来的A与胞内存在或者外源表达的B蛋白的相互结合。

（1）操作要点

一般采用工具细胞检测，例如HEK293T、HeLa细胞等，构建带有标签（例如Flag、HA、V5等）的目的质粒，IP富集标签融合蛋白。

（2）应用案例

实验设计：实验组转带标签的诱饵蛋白，对照组转标签空载体，用相应的标签抗体磁珠做IP（这里用的是HA标签）。

图2 Co-IP检测Pit1-HA与Pit2-Myc、RGA4-Myc互作

定量Co-IP操作要点和案例分析

分为简单定量实验和复杂定量实验（复杂的就是引入多个变量，去检测蛋白a与蛋白b的互作程度，文献中常见的基本都归为简单定量实验）。

定量Co-IP的重点是要保证各组别的初始样本量完全一致、处理条件和IP过程严格同步。

1、内源定量Co-IP

细胞或者组织蛋白样本内，加药或引入靶蛋白c，检测A蛋白与B蛋白互作是增强还是减弱。

（1）操作要点

加药处理，用野生型的细胞或者组织直接做。这里是加了Pep9。

（2）应用案例

实验设计：加不同浓度的Pep9处理，检测Pep9对NLRP6与p85α结合影响；

Input需孵育内参，来保证初始样本量一致。

图3 Co-IP检测Pep9对NLRP6与p85α互作影响

2、外源定量Co-IP
通过转染A，B和C质粒，检测C蛋白是否影响了A与B蛋白的互作。

（1）操作要点

引入靶蛋白C来检测比较蛋白A与蛋白B相互结合程度的变化。详细实验步骤见免疫共沉淀Co-IP（标签蛋白）：实验原理+详细步骤。

（2）应用案例

实验设计：前四组充当阴性对照组，后两组为实验组；

✅共转HA-ASK1和His-TRAF6，检测未处理时的互作强度；

✅共转HA-ASK1、His-TRAF6和Flag-MVP，检测Flag-MVP对HA-ASK1与His-TRAF6的互作影响。

图4 Co-IP检测Flag-MVP对HA-ASK1与His-TRAF6互作影响

辉骏生物可承接定性 Co‑IP、定量 Co‑IP 全流程技术服务：

① 定性 Co‑IP 服务：

专注验证蛋白之间是否存在体内互作，包含内源 Co‑IP、Flag/HA/GFP 标签外源 Co‑IP，配套 Co‑IP‑WB 二元互作验证、Co‑IP‑MS 未知互作蛋白筛选，完成蛋白提取、免疫沉淀富集、WB 检测、质谱鉴定，输出完整实验报告与原始图片数据，支持截短体互作区段定位，满足基础互作验证、互作蛋白筛选等课题需求。

② 定量 Co‑IP 服务：

用于对比不同处理、不同基因干预条件下蛋白互作强弱变化，提供梯度处理样本 IP、SILAC 定量 IP‑MS 服务，完成互作蛋白定量分析，配套 GO、KEGG 等生信解析，可直观体现互作增强或减弱，适配机制研究、药物调控互作等深度机制课题，同时支持内源、标签体系及各类个性化对照方案设计。

辉骏生物依托自有蛋白及质谱平台，从实验方案设计、样本处理、免疫富集到数据交付全程落地，提供一对一技术对接，数据可直接用于 SCI 论文投稿。