RNA pull-down用于检测RNA-蛋白质、或RNA-RNA之间相互作用的技术，其基本原理是：利用带标签的目标RNA探针与待测蛋白质或RNA进行体外或体内结合，通过亲和作用将复合物分离出来，之后采用Western Blot、质谱技术检测结合蛋白，或采用qPCR、测序技术检测结合RNA。

RNA pull down可分为体内和体外两种类型：

一、体外RNA pull down：

（1）体外转录得到带标记的RNA探针（对照组用反义探针）；

（2）裂解待测样本；

（3）RNA探针与样本裂解液孵育；

（4）特异性亲和磁珠调取“RNA-蛋白”或“RNA-RNA”互作复合体；

（5）洗脱蛋白质或提取RNA进行检测和分析。

二、体内RNA pull down：

（1）制备带标记的RNA探针或者RNA表达载体（对照组用反义序列）；

（2）将RNA探针或表达载体导入样本中，其中表达载体可以在生物体内转录生成目标RNA，与某些蛋白或RNA结合形成互作复合体；

（3）裂解待测样本；

（4）采用特异性亲和磁珠调取裂解液中的“RNA-蛋白”或“RNA-RNA”复合体；

（5）洗脱蛋白质或提取RNA进行检测和分析。

最常见的RNA标记是生物素，可以采用链霉亲和素磁珠捕获生物素RNA及其互作复合体。但除了生物素标记的miRNA mimic可以直接转染细胞，大部分长链RNA无法直接转染到细胞内，因此生物素标记的长链RNA常常用于体外pull down实验。

如何完成长链RNA的体内pull down呢？辉骏生物研发了一种新的标记方法，利用一段只有16nt的RNA标签“F2”来标记RNA，再采用与F2具有强大亲和力的配体磁珠捕获互作复合体。这种标记方法可用于标记各种类型的RNA（lnRNA、mRNA、circRNA、pre-miRNA或pri-miRNA），操作简单、成本低。

辉骏生物RNA pulldown客户文章见证实力：

1. Fumarate induces LncRNA-MIR4435-2HG to regulate glutamine metabolism remodeling and promote the development of FH-deficient renal cell carcinoma. Cell Death Dis. 2024.

2. A positive feedback between PDIA3P1 and OCT4 promotes the cancer stem cell properties of esophageal squamous cell carcinoma. Cell Communication and Signaling. 2024.