根据辉骏生物10多年对 ChIP 实验的研究，以下原因可能会导致 ChIP-seq 的假阳性率高：

DNA 片段化方法、染色质开放性的异质性、PCR 扩增偏差、基因组重复以及测序和序列比对中的错误会导致假阳性，测序后，将序列与已知基因组进行比较并确定真正的结合位点（峰）。对于转录因子，寻找对应“峰”的下游调控基因（靶基因）或构建转录因子结合位点的保守结合序列。 如果转录因子的基序已知，计算基序序列在“峰”序列中的百分比，即可估计实验结果的可靠性。