Q1:目的蛋白结合效率低或不结合怎么办?
可能原因1:蛋白序列出现移码等错误
解决办法1:测序确认,调整阅读框以获得GST.Tag融合表达蛋白;选择适宜的宿主菌,如蛋白酶缺陷型大肠杆菌,稀有密码子宿主菌Rosetta系列。
可能原因2:融合蛋白可能改变了GST 的构象,因此降低了GST 标签蛋白的结合能力。
解决办法2:检测所使用的pGEX 载体中GST的结合。准备带有所使用的pGEX的细胞超声裂解物,检测其与层析柱的结合。如果结合的很好,则可能是标签蛋白改变了GST 的构象,因此降低了GST 标签蛋白的亲和力。可以通过降低结合的温度到4°C限制洗涤来改善结果。
可能原因3:GST 融合蛋白发生聚集沉淀
解决办法3:在裂解buffer和其他缓冲体系中加入DTT,经验告知,1-20mM的DTT 会显著增加某些GST融合蛋白的结合。
可能原因4:GST融合蛋白被过度稀释
解决办法4:重新浓缩样品,增加蛋白浓度。
可能原因5:GST 融合蛋白被机械裂解的方法变性(比如超声)
解决办法5:过度超声产热会破坏标签蛋白,建议采用超高压破碎。
可能原因6:结合缓冲条件不适宜
解决办法6:低于pH6.5或高于pH8时,融合蛋白与层析柱结合不充分导致结合效率低,请确认磁珠在用于目的蛋白纯化前经过pH6.5~8.0缓冲液充分的平衡。
可能原因7:层析柱使用次数过多,杂质干扰
解决办法7:层析柱再生或使用新的层析柱。
Q2:目的蛋白洗脱不下来或洗脱率低是什么原因导致的?
可能原因1:洗脱缓冲液的体积太少
解决办法1:增加洗脱缓冲液的体积。
可能原因2:洗脱缓冲液的pH过低
解决办法2:调节洗脱缓冲液pH值至8-9 。
可能原因3:洗脱的时间不够
解决办法3:增加洗脱缓冲液与磁珠反应的时间。
可能原因4:洗脱缓冲液中谷胱甘肽浓度太低
解决办法4:增加洗脱缓冲液中谷胱甘肽的浓度。
可能原因5:洗脱缓冲液中谷胱甘肽失效被氧化
解决办法5:洗脱缓冲液现配现用。
可能原因6:洗脱缓冲液的离子强度过低
解决办法6:增加洗脱缓冲液中的离子强度,在洗脱缓冲液中加入0.1~0.2M的氯化钠也会改善洗脱效果。
Q3:洗脱的蛋白中为什么含有杂质?
可能原因1:在宿主细菌中蛋白被降解
解决办法1:使用蛋白酶缺陷型菌株lon-或ompT,或ompT和lon双缺陷型菌株。
可能原因2:GST融合蛋白被蛋白酶部分降解
解决办法2:加入蛋白酶抑制剂PMSF。注:丝氨酸蛋白酶抑制剂必须在使用凝血酶或凝血因子Xa 前除去。
可能原因3:细胞破碎时超声处理过度
解决办法3:降低裂解时间,机械裂解前加入溶菌酶(0.1 倍体积的10 毫克/毫升溶菌酶溶液,溶菌酶保存在25mM Tris-HCl,pH8.0 )可能会使结果变好。避免发泡,因为这可能使标签蛋白变性。过分裂解也会导致宿主细胞蛋白和GST 标签蛋白共纯化。
可能原因4:分子伴侣或许被共纯化了
解决办法4:多余的条带可能由于共纯化一些分子伴侣所造成。这些分子伴侣参与大肠杆菌中新生成的蛋白的正确折叠。如:DnaK(分子量70 000)、DnaJ(分子量37 000)、GrpE(分子量40 000)GroEL (分子量57 000)、GroES(分子量10 000 )。一些从这些共纯化的蛋白中分离GST融合蛋白的方法已经发表。
Q4:如何解决目的蛋白酶切后电泳检测发现多条条带?
可能原因:蛋白酶切发生在宿主细菌内
解决办法:检测条带何时出现:如果确定多余的条带在Precission Protease,凝血酶,凝血因子Xa切割前不存在,这些条带可能是在宿主细菌中被降解的结果。目的蛋白可能含有Precission Protease,凝血酶,凝血因子Xa 的切割位点,请检查序列。
1. GST Pull down WB,用于体外检测诱饵蛋白与某样本中的待测蛋白是否存在相互作用;
2. GST Pull down MS,用于体外筛选诱饵蛋白与某样本中的哪些蛋白具有相互作用。
服务项目 | 服务内容 | 结果交付 | 实验周期 | 客户提供 | 价格 |
GST pull down WB | 构建诱饵蛋白的GST原核表达载体(可选做) | 载体质粒、甘油菌、测序结果和实验报告 | 约2周 | 1、含有诱饵基因序列的质粒模板及测序文件 2、实验样本 3、待测蛋白抗体 4、实验信息表(样本信息、诱饵蛋白和待测蛋白序列) | |
原核表达诱饵蛋白并进行Western blot检测 | Western blot检测图 | 4-5周 | |||
Western blot检测待测样本中的猎物蛋白 | Western blot检测图 | ||||
GST pull down捕获诱饵蛋白及其互作蛋白 (2组:实验组、空载对照组) | pull down实验报告 | ||||
Western blot检测Pull down产物中的诱饵蛋白和待测蛋白 | Western blot检测图 | ||||
GST pull down MS | 构建诱饵蛋白的GST原核表达载体(可选做) | 载体质粒、甘油菌、测序结果和实验报告 | 约2周 | 1、含有诱饵基因序列的质粒模板及测序文件 2、实验样本 3、实验信息表(样本信息、诱饵蛋白序列) | |
原核表达诱饵蛋白并进行Western blot检测 | Western blot检测图 | ||||
GST pull down捕获诱饵蛋白及其互作蛋白 (3组:实验组、空载对照组、裂解液对照组) | pull down实验报告 | ||||
Western blot检测pull down产物中的诱饵蛋白 | Western blot检测图 | ||||
LC-MS/MS定性检测pull down产物的蛋白、筛选实验组独有蛋白(潜在互作蛋白) | 质谱检索表格、互作蛋白筛选表格、检测报告 | ||||
针对互作蛋白做生物信息学分析(GO、KEGG pathway、String) | 生物信息学分析结果和报告 | 1周 |
GST pull down WB:Western blot检测图(阳性)
GST Pull-down MS:Western blot检测图
GST pulldown MS:质谱检索表格(部分展示)
1. Chen S.L. et al: A GYS2/p53 Negative Feedback Loop Restricts Tumor Growth in HBV-Related Hepatocellular Carcinoma. Cancer Research. 2019,IF=9.727. |
2. Jiang L. et al: Bach1 Represses Wnt/β-Catenin Signaling and Angiogenesis. Circ Res. 2015,IF=14.467. |
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