当条带所示的实际大小同理论有偏差时，可能由以下一些原因导致：蛋白发生如磷酸化、糖基化等翻译后修饰时条带会上移，蛋白发生剪切（如前体）时条带会下移，蛋白存在不同的可变剪切体或亚型，强相互作用大分子存在时变性不彻底。
此外，WB实验中使用的预染蛋白marker由于携带染料程度不稳定的原因，也可能导致表观分子量与理论预期出现偏差。