1. 从纯化方式来看：采用ProteinA/G纯化的多抗掺杂有动物本身产生的对其自身抗原产生的抗体，这些抗体在检测中会识别样本中的蛋白而出现杂带，可采用抗原亲和纯化避免杂带的产生。
2. 从蛋白修饰来看：天然蛋白存在复杂的翻译后修饰。这点可以通过信息学分析进行解释。
3. 从蛋白翻译后加工来看：翻译后蛋白前体经切割可能会使部分蛋白分子量偏小，而天然组织中同时存在蛋白前体和切割加工后的蛋白，二者序列有相同部分，可能会产生杂带。这点需要通过查阅与目的蛋白相关文献进行了解。
4. 从同源家族蛋白来看：当目的蛋白有同源家族蛋白时，蛋白异构体的存在可能会使分子量偏离预测分子量，因为天然样本中由同一个mRNA不同的剪接方式进行翻译形成的蛋白产物也会有相同的抗原表位，同时被抗体识别时会产生杂带。
5. 从蛋白聚集形式来看：蛋白多聚体的形成，虽然还原条件可以抑制多聚体的形成，但是强烈的蛋白间相互作用在还原条件下也有可能不解聚导致条带偏大。