双向电泳是最早、最经典的蛋白质组技术，适用于大部分样本，只是对强酸或强碱性蛋白，以及分子量太大或太小的蛋白质分离效果不好；另外由于各个样本需要单独跑胶，很难避免操作误差对结果的影响，可能导致定量不准确；但是双向电泳的服务价格相对便宜，可以用于样本差异的初步筛选。

DIGE在双向电泳基础上做了改进，引入了荧光标记物和内标，可以使定量更加准确；但该技术也是依据蛋白的等电点和分子量分离，因此对强酸或强碱性蛋白，以及分子量太大或太小的蛋白质分离效果也不好。

iTRAQ、TMT、label-free和SILAC都是利用液质联用技术来寻找差异蛋白。其中，iTRAQ和TMT的原理和检测方法基本一致，只是使用了不同的标记物；TMT有10种标记物，可对多达10种不同样本进行分析，但是由于其标记物的质量数非常相近，因此必须使用超高分辨率的质谱（Thermo公司的QE质谱仪）才可以满足检测，这也必然会导致信号干扰更多，可能会影响定量的准确性；label-free是非标记的蛋白质组学技术，由于没有标记物，其定量需要依赖于操作和质谱仪的稳定性，该技术鉴定到的蛋白数目会少于iTRAQ技术，并且定量的准确性较差，优势是服务费用较低；SILAC是基于稳定同位素标记的细胞培养技术的蛋白质组学方法，利用不同的同位素培养基来培养不同组别的细胞，达到体内标记的目的，其定量准确性要比其他蛋白质组学技术更高；但是由于缺乏合适的同位素培养基，该方法基本只能用于可传代的哺乳动物细胞系。

从定量准确性、应用性等各方面综合考虑， iTRAQ技术已成为近年来利用最广泛的蛋白质组学技术。

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iTRAQ技术实验 客户文献

1. Li K. et al: Tyrosine kinase Fyn promotes osteoarthritis by activating the β-catenin pathway. Ann Rheum Dis. 2018，IF=14.299. 【研究内容】：骨关节炎和软骨退变过程中，WNT/β-catenin被激活的机制尚未完全明确，本研究利用iTRAQ蛋白质组学技术，筛选了年轻（2月龄）和老龄（12月龄）小鼠的蛋白表达差异，并发现一种在老年软骨中强烈上调的蛋白——酪氨酸激酶Fyn。为了探究Fyn促进骨关节炎发展的机制，客户将免疫沉淀（IP）与蛋白质组学分析相结合，最终证明酪氨酸激酶Fyn可以通过激活β-catenin通路促进关节炎，为骨关节炎提供了一个新的治疗靶点。 使用技术：iTRAQ蛋白质组学分析、iTraq实验外包服务

2. Wu X.S. et al: Ubiquitin-specific protease 3 promotes cell migration and invasion by interacting with and deubiquitinating SUZ12 in gastric cancer. J Exp Clin Cancer Res. 2019，IF= 7.068. 【研究内容】：泛素特异性蛋白酶3 (USP3) 的异常表达可能在肿瘤发展中起重要作用，然而其促进胃癌转移的机制尚不明确。本研究利用itraq蛋白质组学技术鉴定了USP3过表达胃癌细胞与对照细胞之间差异表达的蛋白质，发现SUZ12对于USP3介导的胃癌活性是不可或缺的，USP3结合SUZ12，去泛素化SUZ12并使其稳定。SUZ12敲除抑制USP3诱导的迁移、侵袭和EMT。结果表明USP3-SUZ12信号通路促进胃癌发展。   使用技术：itraq定量实验、itraq定量蛋白组学检测

iTRAQ实验技术应用

1.蛋白鉴定和定量；
2.差异蛋白的筛选和鉴定。

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