做蛋白互作研究读高分SCI，你是否常会遇到这样的场景：文中作者推测蛋白A与蛋白B存在相互作用，翻页便是一整页CoIP实验Western blot条带。Input、IP、IgG、Flag、HA、IB标识搭配各类加减处理组，繁杂的标注常常让人看得眼花缭乱。

解读CoIP图谱不必深挖复杂底层原理，抓住核心判读逻辑即可快速看懂结果：

①Input，验证目的蛋白是否正常表达；

②IP，判断实验捕获下拉的靶蛋白；

③IB，明确本次检测的蛋白类型。再结合IgG对照、空载体阴性对照，就能区分CoIP实验结果是否可靠。

辉骏生物15年蛋白互作技术服务经验，结合Nature Communications高分文献真实案例，手把手拆解CoIP电泳图谱，带你快速掌握CoIP结果判读技巧。

Co-IP图要怎么看？

看到一张陌生Co-IP图，先按这个顺序扫一遍：Input → IP → IB → 阴性对照 → 实验组。

Input：IP前的总蛋白样品。先确认目标蛋白有没有正常表达、分子量是否正确。

IP：表示用什么抗体把目标蛋白及其复合物富集下来。

IgG：阴性对照，用来判断是否存在非特异性结合。

Flag、HA、Myc：常见蛋白标签，方便后续IP或WB检测。

IB：Immunoblot，也就是最后用什么抗体进行WB检测。

“+ / −”：表示这一组是否表达或加入对应蛋白、质粒或处理条件。

所以看到Co-IP一般先看Input，再看IP拉谁，再看IB检测谁，最后看阴性对照。

内源Co-IP怎么看？

所谓内源Co-IP，是不额外过表达标签蛋白，直接利用细胞本身表达的目标蛋白进行免疫沉淀。它是接近蛋白在正常生理状态下的真实相互作用。

以FGL1和TRIM21为例：IP：FGL1 → IB：TRIM21

如果实验组能够检测到TRIM21，而IgG组没有明显特异信号，说明FGL1能够把TRIM21一起拉下来，二者存在互作。

图1 正拉Co-IP检测FGL1和TRIM21互作

为什么高分文章经常做“正反拉Co-IP”？

前面是：IP：FGL1 → IB：TRIM21；

再反过来：IP：TRIM21 → IB：FGL1

图2 反拉Co-IP检测FGL1和TRIM21互作

两个方向都能检测到对方，相当于完成了一次双向验证，结果通常比单方向Co-IP更有说服力。

标签Co-IP怎么看？

如果内源蛋白表达量较低，或者缺少合适的IP级抗体，研究中常构建Flag、HA、Myc、GFP等标签进行Co-IP。

例如共转Flag-TEAD4、HA-HHEX质粒，两个蛋白共同表达后：

IP：Flag → IB：HA

实验组检测到HA-HHEX，而Flag空载体对照没有明显信号，就说明TEAD4与HHEX存在相互作用。

图3 标签Co-IP检测Flag-TEAD4和HA-HHEX互作

所以看到Flag、HA、Myc不要慌，标签只是“蛋白的名字牌”。先看谁做IP，再看检测谁。

截短体Co-IP怎么看？重点不是条带深浅，而是“有还是没有”

证明两个蛋白存在相互作用之后，下一步经常要回答一个问题，它们到底通过哪个结构域发生相互作用？

这时候就会用到截短体Co-IP。

以PRMT1-FBXO7为例，作者构建了PRMT1全长和多个截短体，并与FBXO7共同表达。

IP：FLAG → IB：GFP

能结合：该片段包含互作结构域；

不能结合：该片段缺失互作结构域(取二者交集，即可确定哪区域为必须)。

下图表明缺失PRMT1 23-162氨基酸片段后条带消失，说明该片段是关键结构域。

图4 截短体Co-IP检测GFP-PRMT1和Flag-FBXO7互作

点突变Co-IP怎么看？

截短体通常只能把范围缩小到某个结构域。如果还想进一步回答：

“到底是哪一个氨基酸位点负责结合？”就会继续做点突变Co-IP。那么点突变Co-IP又怎么看呢？

感兴趣的同学可以尝试去读一下这个点突变Co-IP图，看看是否能理解。

「Input是细胞裂解物、Flag-TERB2用于IP、Myc-TERB1是互作蛋白，WT为野生型，Y56E和F192R为点突变体」

大家可以重点比较WT、Y56E和F192R三组：哪个突变会导致TERB1互作条带消失？说明哪个氨基酸更可能是关键互作位点？

图5 点突变Co-IP检测TERB2不同位点对TERB1结合的影响

总而言之，想要快速看懂各类高分SCI论文中的CoIP实验图谱，无需纠结复杂的实验原理，熟记一套标准化判读流程，即可高效、精准完成结果分析，适配绝大多数蛋白互作实验场景，具体判读步骤如下：

① 看Input，确认蛋白表达有效性

优先观察Input样本条带，验证实验所用目的蛋白正常表达，彻底排除因蛋白未表达、表达量过低导致的实验无效、数据不可用等问题，筑牢实验结果的基础可信度。

② 看IP，锁定富集靶蛋白

观察IP实验组富集结果，明确实验体系中成功下拉、富集的靶蛋白对象，精准判断目标蛋白是否完成特异性富集，为互作结果分析提供核心依据。

③ 看IB，读取真实互作信号

通过IB免疫印迹检测结果，直观读取两种蛋白的结合信号，判断蛋白A与蛋白B是否存在真实相互作用，完成核心互作关系的初步判定。

④ 看对照，排除假阳性干扰

结合IgG阴性对照、空载体对照结果，剔除蛋白非特异性结合、实验背景干扰等问题，严格排查假阳性结果，保障实验数据的真实性与准确性。

这套通用判读逻辑适用性极强，可完美适配内源CoIP、标签CoIP、截短体CoIP、点突变CoIP等各类蛋白互作实验场景，能够快速甄别实验数据可靠性，帮助广大科研人员快速看懂CoIP-WB实验图谱、精准完成结果分析，高效支撑课题研究与SCI论文数据分析工作。

在实际开展CoIP蛋白互作实验过程中，不少科研人员经常遇到抗体特异性差、IP实验背景偏高、非特异性结合严重、实验重复性差、整体实验耗时长等常见问题，极大影响实验进度与发文数据质量。

参考文献

[1] Zhang Y, Zhou P, Guo Y, et al.  Targeting IRF1-TRIM21 axis enhances anti-tumor immunity by promoting ubiquitin-mediated degradation of FGL1 in non-small cell lung cancer. Commun Biol. 2026.

[2] Guo Y, Zhu Z, Huang Z, et al. CK2-induced cooperation of HHEX with the YAP-TEAD4 complex promotes colorectal tumorigenesis. Nat Commun. 2022.

[3] Luo L, Wu X, Fan J, Dong L, Wang M, Zeng Y, Li S, Yang W, Jiang J, Wang K. FBXO7 ubiquitinates PRMT1 to suppress serine synthesis and tumor growth in hepatocellular carcinoma. Nat Commun. 2024.

[4] Wang Y, Chen Y, Chen J, et al. The meiotic TERB1-TERB2-MAJIN complex tethers telomeres to the nuclear envelope. Nat Commun. 2019.