根据样品SDS-PAGE图（注：SDS-PAGE无过度染色情况），判断样本本身的蛋白质丰富程度，蛋白质条带较少或者较浅（含量低）都会导致鉴定结果不佳，可考虑增加样本量再进行检测。

根据SDS-PAGE图判断样品中是否存在高丰度蛋白质，高丰度蛋白质会影响样本整体蛋白质鉴定数量。

有些物种的数据库质量不好，包含的蛋白数目过少，这种可以考虑换大一级的物种分类数据库，或者选择在进化树上同源性较近的、研究比较清楚的、基因组数据库相对完整的模式物种的数据库重新查库。

样本中有污染或干扰物质，例如常见的有PEG、各种表面活性剂（如SDS、CHAPS、Triton、Tweens、NP-40等），一般在质谱的表现为规律的分子量间隔约44的峰。

辉骏生物会根据TIC、basepeak图等，判断酶解、仪器状态等是否正常，如果是仪器问题导致的鉴定结果不好，我方会即刻告知客户并安排重复实验。

辉骏生物10年专注LC-MS/MS蛋白鉴定实验，服务到投稿，客户已在Nature methods，Nature Cell Biology，Nature Plants，Nature communication，Annals of the rheumatic diseases，Journal of Hematology & Oncology等高水平期刊成功发表论文。

LC-MS/MS蛋白鉴定实验服务内容包含：蛋白酶解、多肽纯化、LC-MS/MS检测,数据库检索、蛋白修饰鉴定等项目。可以一次性鉴定成百上千种蛋白质，准确性和灵敏度高。实验热线：4006991663，欢迎新老客户前来咨询！