通常ChIP过程产生3份DNA产物，Input、IgG产物、IP产物。Input是染色质片段化后提取获得的总DNA、未经抗体加入免疫沉淀过程，IgG组这是用实验抗体的同型阴性对照抗体、作为mock IP，IP产物即是以实验抗体获得的免疫沉淀产物。

在后续的qPCR检测中，通常将IgG产物组作为IP产物组的对照。如需设置阳性对照抗体，可以选择Histone H3或者RNA polymerase II，然后以GAPDH或Actin等作为检测基因。

在后续的Sequence中，通常将Input组产物作为测序对照样品。