质谱鉴定主要包括蛋白酶解、质谱数据获取、对库检索三个步骤。针对每一个蛋白点的鉴定，一般会提供三种数据。

具体包括：质谱图（PDF格式，包括1张一级质谱图和5-10张二级质谱图）、质谱峰列表（text格式，主要是一些质谱碎片的信息）、检索结果（自己建库进行本地化检索的一般提供的PDF格式或者excel格式，如果是Mascot在线检索的一般提供网页格式）。