1. iTRAQ是一级质谱定性，二级质谱定量，实际操作中，一级质谱中m/z相近的一些母离子，而不是严格的同一m/z的母离子，被筛选进入质量分析器2进行二级质谱鉴定，定量的肽段与定性的肽段不是一一对应的关系，故造成iTRAQ定量误差大。然而，SILAC是一级质谱定量，二级质谱定性，定量的肽段就是对应的定性的肽段，定量更加精确。

2. iTRAQ在母离子进入质量分析器2前要进行母离子破碎，但是母离子破碎的比率达不到100%，造成报告离子的峰强偏低，定量存在误差。