两者都可用于差异较大的样本（不同物种、不同组织部位），“有无”蛋白比较，不需要同位素标记，成本相对低；样本不受限制，应用范围广。
label free确定是数据重复性稍差，缺失值较多。DIA非标定量蛋白质组学的重现性较高，所有离子信息都能采集，缺点是需要预先建立数据库，数据分析较LFQ复杂。