蛋白质翻译是一个复杂的过程。  在过去的几十年里，科学家们主要专注于对基因编码区的解释，这可以直接确定蛋白质的氨基酸组成。  最近，对非编码 RNA (ncRNA) 区域的研究引起了科学家们的极大兴趣，大量证据表明 ncRNA 活跃地参与了翻译过程，尤其是非序列依赖的表观遗传修饰、RNA-RNA 结合蛋白 (RBP)相互作用和转录后调控。

许多长链非编码RNA（lncRNA）已经被鉴定出来，但其功能尚不清楚。 为了进一步研究 RNA-RBP 相互作用作为调节翻译的关键机制，科学家们开发了各种技术来解决这些问题。 最具代表性的技术是 RNA免疫沉淀测序（RIP-Seq） 和交联-免疫沉淀测序（CLIP-Seq），这两种技术都是利用RBPs的抗体来下拉结合RNAs，但在原理和详细方案上略有不同。

RIP序列

RIP-Seq 结合了 RNA 免疫沉淀和高通量测序，其中相互作用的 RNA 通过目标蛋白的免疫沉淀被捕获。  对捕获的 RNA 进行高通量测序有助于了解转录后调控网络的动态过程。

优势

1. RIP-Seq 在解释各种 ncRNA（例如 miRNA 和 lncRNA）的 RNA-RBP 相互作用网络方面具有通用性。

2. 与CLIP-Seq相比，RIP-SEQ不需要进行UV交联，操作简单，保证结果的可重复性和准确度。

3. 覆盖范围广，可在全基因组范围内筛选和鉴定蛋白质结合位点。

4. 高分辨率和高通量测序技术，可以发现新的蛋白质结合位点。

应用

1. RNA与靶蛋白相互作用的验证

2. RNA-RBP相互作用网络的全基因组鉴定

3. RBP与miRNA、lncRNA等ncRNA的相互作用分析

辉骏生物提供的RIP（RNA免疫共沉淀）服务分为以下两种：

1. RIP-qPCR，用于检测某样本中的诱饵蛋白和待测RNA是否结合；

2. RIP-seq，用于筛选某样本中的诱饵蛋白可以结合哪些RNA。

RIP-seq服务优势*辉骏生物

1

十年服务经验，客户成果发表在Nature Methods，Oncogene，Cell Research等高水平期刊上，售后技术支持将一直保持到客户发表文章。

2

对围绕RNA结合蛋白开展的整体课题提供全方位指导，包括上下游实验设计和结合蛋白的多方法验证等。

3

自有分子及细胞生物实验平台，能有效制定并执行最优的实验路线。

4

自有蛋白质组学平台，对微量互作蛋白的质谱鉴定有十足的把控能力，确保客户安心进行下游实验及投稿。

RNA免疫共沉淀RIP结果示例

rip qPCR检测数据

RIP组相对于input组的富集图（% input）

RIP组相对于IgG组的富集图

RIP技术实验客户文章

1. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA.Nature Methods,15(3): 213–220. 2018，IF=28.467. 【研究内容】：辉骏生物为作者单位之一，和作者共同开发了一种捕获鉴定新生RNA结合蛋白的全新方法（RICK）。该方法用EU标记新生RNA，通过点击反应-生物素-链霉亲和素系统结合质谱分析，分离鉴定RNA互作蛋白。其中，METTL1和CDK1是两个RICK独有的RNA结合蛋白。 RIP-qPCR、RIP-Seq、CLIP-Seq等实验进一步证实了它们与非PolyA RNA的结合，这种结合在细胞分化与增殖中发挥了重要作用。 使用相关技术：RIP-qPCR、RNA免疫共沉淀RIP-Seq、RNA结合蛋白免疫沉淀技术

2. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research.2015, IF=13.9. 【研究内容】：客户利用RNA pull down、CoIP等技术，发现lincRNA-p21与HNRNPK结合，并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成复合物，作者通过RIP-qPCR进一步证实了细胞中存在该复合物。该复合物甲基化了多能性基因的启动子序列及相应组蛋白，并改变了它们的表达量，从而进一步影响体细胞重编程过程。 使用相关技术：RIP seq、RNA结合蛋白免疫共沉淀rip qpcr、质谱鉴定

剪辑序列

UV 交联和免疫沉淀 (CLIP) 是另一种广泛使用的方法，用于 体内 研究 RBP 与众多 RNA 靶标之间的结合模式，它揭示了结合过程的生物学功能。 其主要原理是基于紫外线照射下RNA分子与RBPs之间的共价结合，提高了RNA结合蛋白与相应RNA靶标的结合强度。

优势

1、准确度高，真实反映 分子间的相互作用 体内 。

2. 特异性强：紫外线照射不会引起蛋白质-蛋白质交联，同时能够直接识别RBPs和RNA之间的相互作用。

3、应用范围广：特别适用于剪接因子、RNA结合蛋白、miRNA靶点及其相互作用的研究。

应用

1. 直接验证RNA与靶蛋白的相互作用以及准确的结合位点

2. RNA-RBP相互作用网络的全基因组鉴定

3. lncRNA、circRNA、miRNA 鉴定及功能机制研究 等的 。