识别肿瘤特异性抗原对于开发和实施个性化癌症免疫疗法至关重要。这些疗法可以利用新抗原或“新抗原”来开发疫苗，以触发肿瘤特异性T细胞反应和肿瘤细胞杀伤。或者，新抗原肽可用于过继细胞疗法离体从肿瘤浸润物或外周血中富集特定的T细胞群，随后再输注到患者体内。

与其他细胞衍生和加工的肽一样，新抗原肽通过主要组织相容性复合体(MHC，也称为HLA)蛋白呈递在细胞表面，供CD8或CD4 T细胞识别。新抗原肽是肿瘤特异性抗原，由于与致癌过程相关的基因组不稳定性而产生，并可能显示与点突变、短indels或基因融合事件一致的序列变化。

新抗原发现工作流程中的一个限制是新抗原肽的鉴定依赖于全外显子组测序。因此，通过遵循这一策略，研究者主要关注编码区内发现的突变。最近，来自非编码序列的肽已经在MHC免疫肽组。这些肽来自非典型翻译和转录事件，并为新抗原发现提供了新的机会。

识别非典型肿瘤新抗原的新策略

在最近的一项研究中麻省理工学院和哈佛大学的布罗德研究所核糖体图谱或Ribo-seq能够识别非典型HLA结合肽。在Ribo-seq中，被核糖体保护的mRNA序列被捕获并深度测序；因此，这种方法允许鉴定正在进行翻译的序列。

研究人员使用Ribo-seq揭示了在各种肿瘤(包括黑色素瘤、慢性淋巴细胞白血病和胶质母细胞瘤)中表达的“新的未注释开放阅读框”(nuORFs)衍生肽。

在最近基于新抗原的治疗峰会Tamara Ouspenskaia博士分享了她鉴定数千种nuORFs衍生肽的发现。通过结合Ribo-seq和MHC I免疫肽组质谱分析，邬斯宾斯卡亚博士发现来自翻译的nuORFs的肽形成了癌症MHC I免疫肽组的一部分。一些已鉴定的nuORFs来源于注释的orf的5’和3’序列。

对于这种方法，Ouspenskaia博士首先对正常和癌变的原始样品和细胞系进行了Ribo-seq分析，使她能够建立一个预测翻译nuORFs的数据库。最终，这个数据库，结合MHC I免疫肽组质谱分析，使她能够识别正常细胞和癌细胞呈递的翻译的nuORFs。

通过这种方法发现，在各种癌症样本中，nuORFs衍生的肽约占MHC I免疫肽组的1.5-2.2%。有趣的是，大约50%的翻译nuORFs在多个患者来源的癌细胞系中被检测到，这加强了它们代表特定肽产物的想法。此外，nuORFs被鉴定为携带黑色素瘤特异性突变或在黑色素瘤中优先表达或过表达。总的来说，这些发现为研究者拓宽具有癌症免疫治疗潜力的新抗原库提供了新的途径。

科研产品

❶ 哺乳动物细胞表达载体

❷ 人cDNA克隆库

❸ 慢病毒表达载体

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抗体工程服务

❶ 单克隆抗体测序

❷ 抗体从头测序

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实验试剂盒

❶ RNA pull down 试剂盒

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