Q：质谱仪常见的主要性能指标有哪些？

A：1、质量范围（mass range）：指仪器所检测的离子的质荷比范围。

2、  分辨率（resolution）：指仪器分开相邻两离子质量的能力。

3、灵敏度（sensitivity）：仪器出峰的强度与所用样品量之间的关系，即对选定的样品在满足一定分辨率下，产生一定信噪比的分子离子峰所需的样品量。

 

Q：关于考染后大、小斑点鉴定成功率的问题

A：一般来说，大斑点比小斑点效果好，颜色深的点比颜色浅的点鉴定成功率高。但是，由于通过PMF鉴定蛋白质是一个涉及多环节的系统工程，如不同蛋白质对染料的吸附性不同、蛋白质酶切位点的多少不同、蛋白质疏水性不同、多肽回收率不同、质谱响应度不同等因素，在这些因素的作用下，会有一些不符合一般规律的情况发生。

Q：质谱鉴定样品对蛋白的染色方法要求是什么？

A：蛋白质的染色常用的有4类：有机试剂染色、银染、荧光染色及同位素显色。其中有机试剂染色以考马斯亮蓝染色法（Coomasie brilliant blue，CBB）为代表，在蛋白质分析中常用，但对低丰度蛋白质的显现较差；银染灵敏度虽高，却常与质谱不兼容；荧光染色以SYPRO试剂为主，蛋白质检测灵敏度高，能兼容质谱，但由于需要配备特殊的检测仪器及试剂的昂贵，未被作为常规方法使用；而同位素显色则存在安全性和操作局限性等问题。

Q： 对于胶上蛋白质的鉴定，应该提供多少蛋白质？
A：一般情况下，考染能看得见的点都有机会鉴定出来。分子量在 2 -5 万之间的蛋白质，鉴定成功率一般比较大。分子量小的蛋白酶切位点少，合适的肽段（ 1000 ～ 3000 Da ）就少，所以鉴定的成功率相对较低。而分子量太大的蛋白质，在同等质量的情况下，蛋白的摩尔数 (pmol) 较少；而且查库时匹配肽段的覆盖率会比较低（因为整个蛋白质较大），从而影响鉴定的成功率。

Q：质谱样品怎样避免角蛋白的污染？
A：常见的角蛋白有四种，主要是从皮肤屑（直接接触）和头皮屑（空气传播）中来的。质谱中检测到的角蛋白峰应该是在酶解前就进入样品中来的（主要是在染胶，脱色，切胶和加酶这四步）。实验中一定要佩戴手套；一定要仔细清洗染胶的容器（先用 70 ％酒精洗，再用去离子水洗）；切胶要带口罩，并在通风橱中进行。另外，从来源于实验操作人员穿着的毛衣中的羊的角蛋白也被检测到过，所以实验中要穿实验服。