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iTRAQ实验技术分析六种致白血病络氨酸激酶的活性

摘要:有很多种致白血病蛋白络氨酸激酶(PTKs)与白血病的转化有关。尽管每种都与一种特殊的疾病有关,问题是它们的功能活性在他们效应的靶细胞中是否一致。对六种致白血病的PTKs效应的外显子芯片分析暗示它们在转录组中的无相同效应。然而,蛋白质组的变化并不是由转录组改变直接控制的。因此,作者采用新一代能八通道相对定量的iTRAQ标记蛋白组学实验技术,来分析这六种致白血病PTKs的效应。同样发现它们在转录组上无共同的靶点,产生不同的效应。BCR/ABL在蛋白质组中有巨大的效应并且与FIP1/PDGFRα有很多效应相同。四种III型受体激酶的蛋白质组学效应相对的关系微弱。仅有嗜酸性粒细胞相关的核酸酶7被共同地影响。这六种PTKs中的五个影响与运动有关的蛋白CAPG和波形蛋白,尽管这与运动性的改变并不一致。然而,联系蛋白质组学与外显子芯片的数据显示不仅转录和蛋白之间的相关性比较低,而且揭示了CAPG蛋白被原癌基因调节的不同模式,说明iTRAQ方法的有效性。


实验技术:本文首先用外显子芯片实验技术在转录组上检测了六种PTKs与白血病转化的关系,暗示无相同的效应;进而作者采用一种八通道iTRAQ蛋白质组实验技术,并结合液相色谱实验技术和质谱实验技术比较了六种PTKs的效应,然后通过western blot实验技术、Real time PCR技术和趋化性分析技术进一步验证了他们效应的差异,揭示了相关蛋白被原癌基因调节的不同的模式,说明iTRAQ方法的有效性。


意义:尽管转录组学技术不能发现PTKs在效应靶细胞中功能的一致性,通过iTRAQ定量蛋白组学技术揭示了不同的PTKs共同影响效应蛋白,揭示其被原癌基因调节的不同模式。


文献来源:Molecular & Cellular Proteomics 7:853–863, 2008.
 

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