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降解组测序介绍

一、降解组测序的介绍

 MicroRNA(miRNA)是一类长度为 22 nt左右的内源性非编码小 RNA, 其前体具有发夹结构 , 广泛存在于动物、植物和病毒等有机体. 大量研究表明,miRNA 参与动植物的细胞增殖、凋亡、分化、代谢、肿瘤和生长发育 以及逆境响应( 包括干旱、高盐和营养胁迫等) 的多种生物学过程。
 

降解组测序正是利用高通量测序技术结合生物信息学手段对这些mRNA降解片段进行大规模鉴定,进而鉴定miRNA调控靶基因的技术。
 

其与其他寻找miRNA靶基因位点方法的比较如下表:


 

二、降解组测序的应用

1、鉴定miRNA的靶基因

 降解组测序最主要的应用是检测miRNA 的剪切基因。当我们利用该技术检测到miRNA 剪切的基因后,  可得知下游受影响的基因路径,  结合Gene Ontology(GO) 和Pathway 分析,  可帮助我们进一步了解植物miRNA 的调控。

2、研究miRNA前体的加工模式、 miRNA的自我调控研究、确定miRNA与靶基因的关系、鉴定新的miRNA和ta-siRNA的研究应用,通过降解组测序可以检测和发现测序物种中所含的ta-siRNA。
 

三、其他软件和数据库介绍

1、sRNA靶标数据库

 StarBase是一个具有基因注释和查找miRNA与靶标相互作用关系功能的综合型数据库,包含了来自人类、小鼠、线虫、拟南芥、水稻和葡萄6个动植物的芯片数据和降解组测序数据。

2. SeqTar预测软件是 CleaveLand的增强版

3. SoMART预测软件
SoMART是一个针对miRNA和反式小干扰RNA(tasiRNA)的在线处软件,包括分析资源和工具.

4. PAREsnip预测软件

PAREsnip是根据高通量测序和降解组测序数据来寻找sRNA靶标基因的。


四、参考文献

1、植物降解组测序研究进展

2、降解组测序鉴定植物胁迫相关miRNA 靶基因的研究进展

3、降解组测序技术在植物miRNA研究中的应用

4、Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent en-donucleolytic cleavage.

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