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2018-2019年辉骏生物客户高分文章解析

2018-2019两年,我们又喜提了多位合作老师们的高分文章,首先恭喜各位老师,同时也感谢公司各部门员工们的努力。
 

从这几篇客户文章的情况来看,采用蛋白质、核酸相互作用的方法来筛选关键蛋白,研究其信号通路,是提升文章点数的一种很有效的方法。
 

以往研究信号通路,很多老师习惯于套用类似样本的已有研究成果来做“复制型”研究,由于缺乏创新性,很难收获好的成果。现在,这类筛选型的研究方法,或许可以为您的科研之路打开新的大门。
 

所谓筛选型的互作组学方法,即先经过常规的Co-IPRNA pull downChIP等实验获得的蛋白或核酸产物,采用质谱或测序的方法来检测,可以一次性获得大量的结合蛋白/核酸信息。为了方便各位老师的后续筛选工作,我们还会对这些结果进行生物信息学分析。

 

常见的研究方法列举如下
 

1)研究关键蛋白的结合DNA或RNA:ChIP-seq、RIP-seq。
 

2)研究关键蛋白的结合蛋白:Co-IP-MS、GST pull down-MS、TAP-MS、SILAC-IP-MS。
 

3)研究关键RNA(例如某些重要的lncRNA)或DNA(例如某段启动子序列)的结合蛋白:RNA pull down、DNA pull down。
 

为了方便其他老师更好的了解这些文章内容,我们为大家做了简单汇总。
 

Jiang, S. et al: Cholesterol Induces Epithelial-to-Mesenchymal Transition of Prostate Cancer Cells by Suppressing Degradation of EGFR through APMAP. Cancer Research, 79(12):3063-3075 (2019). ( IF: 9.13)
【研究内容】:前期研究发现,胆固醇能够引起前列腺癌细胞中的APMAP和EGFR蛋白在脂筏上积累并促进细胞发生EMT,并且APMAP通过EGFR起作用,但具体如何作用呢?在本研究中,作者利用Co-IP-MS筛选方法,试图找到APMAP的结合蛋白。当在细胞中过表达APMAP-3*FLAG后,采用flag抗体做Co-IP实验,质谱检测富集到的蛋白成分,并结合生物信息学分析,找到了与APMAP相互作用的蛋白EPS15R;经过一系列基因表达、细胞功能检测,最终验证了APMAP/EPS15R/EGFR通路,即APMAP和EPS15R复合物调控了EGFR蛋白的稳定性,进而影响前列腺癌细胞的EMT。

我们的服务:Co-IP-MS/MS,生物信息学分析

 

Gao C.J. et al: The plant ESCRT component FREE1 shuttles to the nucleus to attenuate abscisic acid signaling. Nature Plants, 5(5):512-524 (2019).(IF: 11.471).
【研究内容】:本研究报道了特有囊泡运输调控蛋白FREE1蛋白穿梭入核,在转录水平调控植物ABA信号的全新功能,并揭示了其作用机制。在本研究中,作者发现脱落酸(ABA)处理会导致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修饰并进入细胞核,在细胞核内FREE1蛋白会与ABA信号途径的重要转录因子ABI5等互作并抑制其转录激活活性。其中,为了验证FREE1蛋白中受ABA影响的磷酸化位点,作者用
BA处理样本后,采用IP方法富集了FREE1和FREE1突变体,之后用LC-MS/MS技术检测了FREE1及其突变体的磷酸化位点。

我们的服务:IP-MS/MS磷酸化位点检测。

 

Gu C.M. et al: Discovery of the Oncogenic Parp1, a Target of bcr-abl and a Potential Therapeutic, in mir-181a/PPFIA1 Signaling Pathway. Molecular Therapy: Nucleic Acids (2019).(IF: 5.66).
【研究内容】:miR-181a在白血病特别是慢性粒细胞白血病(CML)中表达下调,并影响疾病发展、耐药性和预后,但其靶基因的分子机制尚不清楚。该文章通过基因芯片,SILAC蛋白组学等方法联合分析,发现PPFIA1是miR-181a的直接靶基因。当敲低细胞中的PPFIA1后,KIT信号分子的磷酸化水平明显下调。那么PARP1是如何发挥作用的呢,作者通过Co-IPMS实验发现,PARP1会结合PPFIA1,并通过激活核受体kappa B(NF-kB)-P65的表达而上调KIT蛋白;抑制PPFIA1或PARP1能够下调c-KIT水平,抑制CML细胞生长,并延长小鼠存活期。总的来说,该研究揭示了miR-181a/PPFIA1/PARP1/NFkB-P65/KIT的分子调节轴,并提出PPFIA1和PARP1可能是潜在的CML治疗靶点。

我们的服务:SILAC、Co-IP-MS/MS。

 

Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 15(3): 213–220(2018).( IF:26.919 )
【研究内容】:该研究开发了一种分离RNA结合蛋白的新技术—RICK(Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry):用EU(ethynyluridine)来标记细胞内的RNA,再将EU生物素化,利用核酸标记,将新合成的RNA标记上生物素,最后通过链霉亲和素偶联的磁珠,分离得到相应被标记RNA分子和与其相结合的蛋白分子,包括非polyA RNA和新生RNA在内的一系列RNA分子及其结合蛋白。

我们的服务:LC-MS/MS

 

Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology. (2018). ( IF:19.064 )
【研究内容】:通过分析转录抑制复合物NCoR/SMRT在不同细胞环境中的作用,发现该抑制复合物作为体细胞重编程中新的限制因素,对重编程因子诱导的相关基因表达调控起了至关重要的抑制作用,涉及的具体机制是该复合物中组蛋白去乙酰化酶HDAC3对目的基因进行了特异性组蛋白去乙酰化修饰,从而导致重编程因子无法有效地激活内源性的多能性基因。

我们的服务:ChIP

 

Bai X.C. et al: Tyrosine kinase Fyn promotes osteoarthritis by activating the β-catenin pathway. Ann Rheum Dis, 0:1–9(2018). ( IF:12.35 ).
【研究内容】:骨关节炎和软骨退变过程中,WNT/β-catenin被激活的机制尚未完全明确,本研究利用iTRAQ蛋白质组学技术,筛选了年轻(2月龄)和老龄(12月龄)小鼠的蛋白表达差异,并发现一种在老年软骨中强烈上调(12.47倍)的蛋白——酪氨酸激酶Fyn,后续 Western Blot实验和动物实验都证实了这一结果。为了探究Fyn促进骨关节炎发展的机制,作者将免疫沉淀(IP)与蛋白质组学分析相结合,以鉴定软骨原代细胞系ATDC5中的Fyn相互作用蛋白,并在纯化的复合物中发现了β-catenin的肽序列,表明β-catenin潜在的结合伴侣Fyn。最终证明酪氨酸激酶Fyn可以通过激活β-catenin通路促进关节炎。

我们的服务:iTRAQ,LC-MS/MS。

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