科研服务

Research Service

ChIRP

CHIRP(ChromatinIsolation by RNA Purification)是检测RNA与 DNA或蛋白结合的方法,可以同时分析RNA、蛋白及DNA三者之间的互作关系。

 

ChIRP技术原理

首先针对靶RNA设计多条生物素标记的探针,之后在特定时间点用甲醛交联等方式固定细胞内RNA与蛋白及核酸的互作复合物。再利用生物素化的探针组合与链霉亲和素磁珠之间的亲和作用,将靶RNA及与之结合的蛋白、核酸复合物纯化出来。最终通过western blotLC-MS/MS实验检测洗脱液中靶RNA的潜在结合蛋白,还可通过测序或qPCR实验检测能够结合靶RNA的潜在DNA片段。


ChIRP技术实验流程
ChIRP实验流程


辉骏生物技术优势

1.在细胞内调取与靶RNA天然结合的蛋白或DNA片段,符合体内真实生理情况,可信度更高。

2.可以同时研究RNA、蛋白质和DNA三者之间的互作。

3.不需要做体外转录,因此不受靶RNA的长度限制。


ChIRP应用范围

体内条件下的验证和筛选RNA结合蛋白;

体内条件下的验证和筛选RNA结合的DNA片段。

 

ChIRP服务信息

项目名称

客户提供

结果交付

实验周期

 



CHIRP WB

待测细胞
待验证的蛋白抗体
实验信息表(靶基因信息,蛋白信息,细胞培养信息等)

1、RNA探针电泳图
2、待测蛋白WB检测图
3、结果整理图
4、实验报告

 


10-12周

CHIRP MS待测细胞
实验信息表(靶基因信息,细胞培养信息等)

1、RNA探针电泳图
2、质谱检测结果
3、生物信息学分析结果
4、实验报告


13-15周
CHIRP qPCR待测细胞
实验信息表(靶基因和待测基因信息,细胞培养信息等)

1、RNA探针电泳图
2、待测蛋白WB检测图
3、结果整理图
4、实验报告


10-12周
CHIRP seq待测细胞
实验信息表(靶基因信息,细胞培养信息等)

1、RNA探针电泳图
2、质谱检测结果
3、生物信息学分析结果
4、实验报告


20-22周


ChIRP 文章

1.Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell. 2015.

2.Chromatin isolation by RNA purification (ChIRP). J Vis Exp. 2012.

3.Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions. Mol Cell. 2011.

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